Aceleración paralela para el alineamiento exhaustivo en metagenómica comparativa

Este manuscrito presenta una versión optimizada y paralela de nuestro trabajo previo IMSAME, un alineador exhaustivo y preciso para la comparación de metagenomas. En un primer paso se ha optimizado la versión secuencial del software de forma que se ha reducido sustancialmente la demanda de memoria y de tiempo de CPU. En una segunda etapa se ha incorporado un planificador y distribuidor dinámico de tareas para su ejecución en paralelo, explotando las capacidades de las arquitecturas multicore modernas. Estas optimizaciones computacionales permiten a IMSAME calcular alineamientos cuasi-óptimos entre los conjuntos de secuencias que conforman cada metagenoma a fin de determinar el parecido o similaridad entre dos metagenomas sin utilizar bases de datos de referencia. Por una parte mostramos que las optimizaciones secuenciales permiten hasta una mejora de 8x en función del peso de los datos; y que la eficiencia global de la implementación paralela es superior al 80% utilizando hasta 32 cores, a la vez que se mantiene la escabilidad de la implementación