Identificación molecular de especies de Mycobacterium aisladas de pacientes con diagnóstico clínico de tuberculosis

RESUMEN Antecedentes: La incidencia de tuberculosis (TB) en México aumenta debido, entre otras causas, a un diagnóstico inespecífico o retardado. Marcadores moleculares como los genes rpoB y 16S rRNA se han utilizado en la identificación del género Mycobacterium. La secuencia de inserción 6110 (IS6110) ha sido empleada como marcadorgenético en la genotipificación del complejo Mycobacterium tuberculosis (CMTB). Objetivo: Realizar un estudio retrospectivo para evaluar a los genes rpoB, 16S rRNA y la IS6110, en la identificación de aislados del género Mycobacterium y del CMTB. Métodos: Se analizaron 146 muestras clínicas. Empleando la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) se amplificaron fragmentos de los genes rpoB, 16S rRNA e IS6110. La especie M. bovis fue identificada mediante un ensayo de PCR Multiplex. Resultados: En 65 muestras clínicas se determinó la presencia de micobacterias mediante amplificación de los genes 16S rRNA y rpoB. En 22/65 aislados se amplificaron únicamente los genes rpoB y/o 16S rRNA. La presencia del CMTB se confirmó en 43/65 aislados mediante la amplificación de la IS6110. La comparación de las secuencias obtenidas de los fragmentos amplificados de los genes rpoB, 16S rRNA y la IS6110 con las reportadas en el GenBank, demostró una homología de 98%-100% con especies de micobacterias pertenecientes al CMTB. Discusión: El uso de técnicas moleculares para el diagnóstico de enfermedades infecciosas permite obtener resultados precisos y en tiempos cortos. En el caso de las infecciones por micobacterias, el empleo de los marcadores genéticos rpoB, 16S rRNA y la IS6110 coadyuva al diagnóstico diferencial entre TB y micobacteriosis, lo que contribuye a orientar el tratamiento que se administre al paciente. ABSTRACT Background: Tuberculosis (TB) incidence in Mexico is increasing due to an unspecific or delayed diagnosis, among several other causes. Molecular markers such as rpoB and 16S rRNA genes have been used to identify the Mycobacterium genus. Insertion sequence 6110 (IS6110) has been used as a genetic marker in Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) genotyping. Objective: To perform a retrospective study to evaluate rpoB and 16S rRNA genes and IS6110 usefulness to identify the Mycobacterium genus and MTBC isolates. Methods: A total of 146 clinical samples were analyzed. Amplification products from rpoB, 16S rRNA and IS6110 were obtained by Polymerase Chain Reaction (PCR). M. bovis was identified using a Multiplex PCR assay. Results: Mycobacteria were identified in 65 clinical samples as shown by rpoB and 16S rRNA genes amplification. In 22 isolates (22/65) amplification products were obtained only for rpoB and/or 16S rRNA genes. MTBC presence was confirmed in 43/65 isolates as IS6110 amplification product was obtained. Sequencing products of rpoB, 16S rRNA and IS6110 showed 98%-100% homology with MTBC species reported in the GenBank database. Discussion: Inclusion of molecular techniques in infectious diseases diagnosis allows to get precise results in short time. In mycobacterial infections, molecular makers such as rpoB, 16S rRNA and IS6110, largely contribute to make a specific diagnosis and differentiate between TB and mycobacteriosis, leading to the best treatment administration to the patient