Flexibilidad y transiciones helicoidales en canales TRP como determinantes en la interacción con ligandos específicos

Resumen La evidencia estructural en proteínas y muchos datos experimentales han demostrado la presencia de subestructuras helicoidales no canónicas (π y 310) en regiones de gran importancia funcional en los canales TRP. A través de un análisis compositivo exhaustivo de las secuencias de estas proteínas y mediante un examen sistemático de la flexibilidad de la cadena lateral en las regiones que experimentan transiciones a hélices π y 310 estudiamos el papel de la flexibilidad y el grado de desorden en tales subestructuras encontrando patrones de flexibilidad local característicos. El estudio de la relación entre la flexibilidad y el grado de desorden reveló también una interesante relación con regiones que pudieran estar implicadas en cambios conformacionales derivados de la interacción con ligandos durante la activación de estos canales. Encontrar la relación que pudiera existir entre la flexibilidad y el desorden en estas proteínas podría ser clave para detectar regiones con potencial dinamismo funcional y por tanto de enorme relevancia para el diseño racional de fármacos para el tratamiento de diversas patologías y desordenes fisiológicos. Finalmente concluimos que la flexibilidad intrínseca y el grado de desorden en estas proteínas son dos parámetros distintos pero complementarios que podrían revelar la heterogeneidad conformacional dependiente de la interacción con ligandos específicos y por tanto ser clave para el desarrollo de terapias analgésicas