08-11-2021 Exploración de microbiomas en animales

RESUMEN Cuando nos referimos a microbiomas debemos pensar en el conjunto de microorganismos distintos que habitan un lugar en específico, puede dentro de otro ser vivo, como los intestinos de los animales; o superficies inertes como el suelo. Es importante no confundir microbioma con microbiota, al hablar de microbiota nos referimos solo al conjunto de microorganismos que habitan un lugar específico, por otra parte, el término microbioma, además de describir a este conjunto de bacterias, también engloba la riqueza genómica existente, el cómo interactúan dichos microrganismos entre sí, las sustancias que producen, etc. [1]. Los microbiomas son importantes ya que condicionan el comportamiento y las características del lugar en el que habitan. En animales, los microbiomas desempeñan una función muy importante en el mantenimiento de la salud al contribuir en la respuesta inmunitaria, ayudar en el metabolismo y absorción de nutrientes provenientes de la alimentación [2]. Debido esto, el estudio de los microbiomas en animales se ha vuelto muy importante, pero ¿Cómo se estudia un microbioma? Al tratarse de bacterias, en un inicio los métodos convencionales de microbiología eran la herramienta para la exploración de los microbiomas, sin embargo, no todas las bacterias lograban crecer en los medios de laboratorio, por lo que la información recabada era muy pobre. La tecnología de secuenciación, se vuelve una importante herramienta para la exploración de los microbiomas, al conocer las secuencias de ADN se puede indagar con mayor facilidad en lo que caracteriza a una bacteria o a un grupo de estas [3]. La primera tecnología de secuenciación es conocida como Sanger, que se fundamenta en la obtención de fragmentos de ADN de diferentes pesos moleculares gracias a la presencia de nucleótidos de paro, a pesar de haber sido una técnica revolucionaria, era costosa y tardada conforme los requerimientos de secuenciación aumentaban [4]. Las tecnologías de secuenciación de segunda y tercera generación, son conocidas como tecnologías de secuenciación de nueva generación (NGS), tienen la característica de ser más eficientes y de menor costo, esto ha facilitado el avance científico en la caracterización de seres vivos de una manera muy específica, mediante su genoma [4,5,6,76,8]