Genomic epidemiology of pathogens in Senegal : Mycobacterium tuberculosis and SARS-CoV-2

Notre projet de recherche de Thèse portant sur la mise au point de techniques de séquençage de pathogènes, en particulier de séquençage direct sur échantillons cliniques, et leur application à l’épidémiologie moléculaire de pathogènes d’intérêt au Sénégal, s’est articulé autour de deux pathogènes : le complexe Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) responsable de la tuberculose et le SARS-CoV-2 responsable du COVID-19, circulant au Sénégal. Notre recherche bibliographique concernant le complexe M. tuberculosis en Afrique sub-Saharienne, incluant l’analyse de 8,139 séquences génomiques produites dans 34 des 49 pays de l’Afrique Subsaharienne, a retrouvé une seule séquence complète originaire du Sénégal, notre pays d’origine. Après avoir contribué à la mise au point d’un nouveau système de RT-PCR et PCR CRISPR-Csm4, nous avons détecté le complexe M. tuberculosis dans 40 échantillons ; confirmés par technique GeneXpert et séquençage du génome entier par technique Illumina Miseq pour caractériser l'espèce et la lignée ; confirmant la présence significative du complexe M. tuberculosis parmi sept espèces de primates non-humains originaires de cinq pays Africains, dont le Sénégal. Nous avons contribué à la mise en place d’un laboratoire de génomique à l’IRESSEF à Dakar. Ce laboratoire nous a permis aujourd’hui d’être parmi les laboratoires qui réalisent le plus de séquences du SARS-CoV-2 et nous avons contribué efficacement à la surveillance moléculaire du SARS-CoV-2 au Sénégal durant la pandémie COVID-19. La dynamique initiée au cours de ces travaux de Thèse nous permettra sans doute de se préparer aux menaces des pathogènes émergents et réémergents en Afrique.Our thesis research project on the development of pathogen sequencing techniques, in particular direct sequencing on clinical samples, and their application to the molecular epidemiology of pathogens of interest in Senegal, focused on two pathogens: the Mycobacterium tuberculosis complex (M. tuberculosis) responsible for tuberculosis and the SARS-CoV-2 responsible for COVID-19, circulating in Senegal. Our bibliographic research concerning the M. tuberculosis complex in sub-Saharan Africa, including the analysis of 8,139 genomic sequences produced in 34 of the 49 countries of sub-Saharan Africa, found only one complete sequence originating from Senegal, our country of origin. After contributing to the development of a new RT-PCR and CRISPR-Csm4 PCR system, we detected M. tuberculosis complex in 40 samples; confirmed by GeneXpert technique and whole genome sequencing by Illumina Miseq technique to characterize the species and lineage; confirming the significant presence of M. tuberculosis complex among seven species of non-human primates from five African countries, including Senegal. We contributed to the establishment of a genomics laboratory at IRESSEF in Dakar. This laboratory has allowed us to be among the laboratories that carry out the most sequences of SARS-CoV-2 and we have effectively contributed to the molecular surveillance of SARS-CoV-2 in Senegal during the COVID-19 pandemic. The dynamics initiated during this thesis work will undoubtedly allow us to prepare for the threats of emerging and re-emerging pathogens in Africa