In Silico Characterization of a Cyclin Dependent Kinase -A (CDKA) and its Coding Gene in some Oryza Species

يعد الأرز طعاما أساسيا لمعظم سكان العالم. تساهم بروتينات الفسفرة المعتمدة على السيكلين من المجموعة (CDKA) A فى الإنتقال عبر المراحل المختلفة لدورة الخلية و كذلك تساهم فى تخليق الأمشاج. و قد هدفت الدراسة الحالية إلى توصيف أحد هذه البروتينات و الجين المسئول عنها فى ,O. glumipatula ,O. barthii ,O. glaberrima ,O. sativa Indica Group  O. nivara ,O. brachyantha O. punctata ,O. longistaminata ,O. meridionalis و O. rufipogonبإستخدام التقنيات الحاسوبية. كشفت النتائج إختلافات فى بعض تتابعات الأحماض الأمينية التى تنظم عمل البروتين محل الدراسة  فى كلا من O. longistaminata و  O. brachyantha  و ذلك مقارنة بالبروتين ذاته فى باقى الأنواع. إفتقد البروتين محل الدراسة فى  O. longistaminata أحد تتابعات الأحماض الأمينية المسئولة عن تثبيط عمل البروتين كما لوحظ إختلاف فى تتابع الأحماض الأمينية المسئولة عن الإرتباط بالسيكلين (PSTAICE بدلا منPSTAIRE ) مما قد يسفر عن توصيف لمجموعة فرعية جديدة متفردة من هذه البروتينات. فى O. brachyanth تم تسجيل إختلاف فى تتابع الأحماض الأمينية بالموضع المسئول عن النشاط المرتبط بلسيكلين. توصى الدراسة بالأستفادة من الإختلافات سابقة الذكر فى التحكم فى الإنقسام الخلوى و النمو فى الأنواع المزروعة من جنس Oryza بإستخدام طرق التربية التقليدية او الطرائق الجزيئية.Rice (Oryza sativa) is a fundamental food for the majority of world population. Cyclin Dependent Kinase -A (CDKA) accelerates transition through different stages of cell cycle and contributes in gametes formation. In the present investigation, a CDKA encoding gene along with the corresponding protein were characterized in O. sativa Indica Group, O. glaberrima,  O. barthii, O. brachyantha, O. glumipatula, O. longistaminata, O. meridionalis, O. nivara, O. punctata and O. rufipogon using in silico analyses. The results reflected little variation in most species except O. longistaminata and O. brachyantha. Compared with the remaining species, O. longistaminata lacked a negative regulatory binding site and had a modified cyclin binding site (PSTAICE instead of PSTAIRE) that may lead to future characterization of a new distinct subclass of CDKAs. O. brachyantha had a modified SUC/CKS (suppressor of CDC2/cyclin dependent-kinase regulatory subunit)-binding motif. The observed variations can be exploited through traditional breeding or molecular approaches to manipulate cell division and growth of cultivated Oryza species