Neonatal Buzağılarda Cryptosporidium’un Yaygınlığı ve Çiftlik Yönetimi ile İlişkisi

NEONATAL BUZAĞILARDA CRYPTOSPORİDİUM’ UN YAYGINLIĞI VE ÇİFTLİK YÖNETİMİ İLE İLİŞKİSİ Toprak Çınar Z, Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Veterinerlik Parazitolojisi, Doktora Tezi, Aydın, 2023. Amaç: Bu çalışmada Denizli ilindeki neonatal buzağılarda Cryptosporidium spp. türlerinin yaygınlığının belirlenmesinin yanında, çiftlik yönetimi ile ilişkisinin aydınlatılması amaçlanmaktadır. Gereç ve Yöntem: Tanımlayıcı nitelikte gerçekleştirilen araştırma, Mart 2021 ve Ekim 2021 tarihleri arasında, Denizli ilindeki 26 farklı büyükbaş hayvan üretme-yetiştirme çiftliğinde bulunan 250 neonatal dönemdeki buzağıdan dışkı numunesi alınarak ve çiftliklere dair bilgiler kaydedilerek gerçekleştirilmiştir. Bu kapsamda alınan numuneler Kinyoun’un Asit-Fast Boyama yöntemi ile mikroskobik olarak incelenmiş, ardından PCR ve Nested PCR yöntemleri kullanılarak Cryptosporidium spp. türlerinin varlığı belirlenmiştir. Verilerin analizinde tanımlayıcı istatistik olarak pearson ki-kare testi kullanılmıştır. Bulgular: Denizli ilinde neonatal buzağılarda Cryptosporidium spp.’nin yaygınlığı Kinyoun’un Asit-Fast boyama sonuçlarına göre %38,8 iken PCR ve Nested PCR analizleri sonuçlarına göre %68,4 olarak belirlenmiştir. Yaş arttıkça enfeksiyonun görülme oranının azaldığı, en yüksek 1-10 günlük (%84) yaşta görüldüğü, dişi buzağılarda (%87,4) erkek buzağılara oranla daha fazla görüldüğü, doğar doğmaz hiperimmun serum (E. coli) kullanan buzağılarda daha az oranda (%46,2) rastlanıldığı tespit edilmiştir. Sonuç: PCR ve Nested PCR yöntemi, Kinyoun’un Asit-Fast Boyama yöntemine göre daha duyarlıdır. Denizli ili neonatal buzağılarda Cryptosporidium spp. yaygınlığı oldukça yüksektir (%68,4). Enfeksiyon ile ilişkili epidemiyolojik faktörler oldukça değişken ve çeşitli olması sebebiyle etki eden etmenleri ortaya koymak ve koruyucu hekimlik uygulamalarını doğru şekilde sürdürebilmek için daha fazla çalışmaya ihtiyaç duyulmaktadır. Halk sağlığını korumak adına “Tek Sağlık” stratejisi benimsenmelidirİÇİNDEKİLER KABUL VE ONAY …………...………………………..………………….……….. i TEŞEKKÜR …………………………………………………………….………….. ii İÇİNDEKİLER ..…………………………………………….………...……….…… iii SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ …..…………………….……………… vi ŞEKİLLER DİZİNİ ….………….…………………………...……………….…….. ix RESİMLER DİZİNİ ….………….…………………………...…………………….. x TABLOLAR DİZİNİ ….………….…………………………...……………………. xi ÖZET ……………………………………………………………………………….. xiii ABSTRACT ………………………………………………………………….…….. xv 1. GİRİŞ …………………….…………………...………………………….…….… 1 2. GENEL BİLGİLER ……………………..…………………………………....….. 3 2.1. Etken………………….. ……………………………………………………….. 3 2.1.1. Taksonomi .……….….…… ………………………………………………… 3 2.1.2. Morfoloji ve Biyoloji…………………………………………………………. 7 2.2. Epidemiyoloji ………….……………...……….………………………………. 12 2.3. Klinik ve Patolojik Belirtiler ………………………….……………………….. 15 2.4. Tanı……………………………………………………………………………... 18 2.4.1. Boyama Yöntemleri…………………………………………………………... 19 2.4.1.1. Safranin-Metilen Mavisi Boyama Yöntemi………………………………... 20 2.4.1.2. Modifiye Kinyoun Asit-Fast Boyama……………………………………… 21 2.4.1.3. Modifiye Ziehl-Neelsen (mZN) Boyama Yöntemi………………………… 21 2.4.1.4. Karbol Fuksin Boyama Yöntemi…………………………………………… 21 2.4.1.5. Auramine Phenol (AP, Auramin Fenol) Boyama Yöntemi………………… 22 iv 2.4.1.6. Auramine-Rhodamine Boyama Yöntemi…………………………………... 22 2.4.2. İndirekt Tanı Yöntemleri……………………………………………………... 22 2.4.2.1. Serumda Antikor Aranmasında Kullanılan Yöntemler…………………….. 23 2.4.2.2. Dışkıda Cryptosporidium spp.’ye Özgü Antijen Aranmasında Kullanılan Yöntemler…………………………………………………………………………….. 23 2.4.3. Moleküler Tanı Yöntemleri………………………………………………… 24 2.4.3.1. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR)……………………………………….. 25 2.4.3.2. Nested PCR…………………………………………………………………. 27 2.4.3.3. Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi (RFLP)……………………. 28 2.5. Tedavi…………………………………………………………………………... 28 2.6. Korunma ve Kontrol……………………………………………………………. 32 3. GEREÇ VE YÖNTEM ……...…………………………………………………… 35 3.1. Gereç …………………………………………………………....…..…………. 35 3.1.1. Dışkı Örneklerinin Toplanması ……………………………………………… 35 3.2. Yöntem ………………………………………………………………………… 36 3.2.1. Kinyoun’un Asit-Fast Boyama ………………………………………………. 36 3.2.2. DNA Ekstraksiyonu ………...…………...……………..…………...………... 38 3.2.3. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR)…………………………………………. 40 3.2.4. Nested PCR ……….………………………………………………………….. 40 3.2.5. Agaroz Jel Elektroforezi……………………………………………………… 41 3.2.6. İstatiksel Analizler……………………………………………………………. 42 4. BULGULAR ………………………………………………………………….…. 43 4.1. Kinyoun’un Asit-Fast Boyama Bulguları ……………….……………………... 43 4.2. PCR ve Nested PCR Bulguları ………………………………………………… 44 4.3. Cryptosporidium spp.’nin İshal ile İlişkisi ……………...……………………... 45 4.4. Cryptosporidium spp.’nin İlçelere Göre Dağılımı ………………………… 45 v 4.5. Cryptosporidium spp.’nin Sürü Boyutu ile İlişkisi………………………… 46 4.6. Cryptosporidium spp.’nin Mevsim ile İlişkisi……………………………… 47 4.7. Cryptosporidium spp.’nin Yaş ile İlişkisi…………………………………… 47 4.8. Cryptosporidium spp.’nin Irk ile İlişkisi…………………………………… 48 4.9. Cryptosporidium spp.’nin Cinsiyet ile İlişkisi……………………………… 49 4.10. Cryptosporidium spp.’nin Kolostrum Kullanımı ile İlişkisi………………… 49 4.11. Cryptosporidium spp.’nin Yem ile İlişkisi………………………………… 52 4.12. Cryptosporidium spp.’nin Sütten Kesim Zamanı ile İlişkisi……………… 52 4.13. Cryptosporidium spp.’nin Hiperimmun Serum (E.coli) Uygulaması ile İlişkisi……………………………………………………………………………… 53 4.14. Cryptosporidium spp.’nin Uygulanan Tedavi/Takviye ile İlişkisi………… 54 4.15. Cryptosporidium spp.’nin Mortalite ile İlişkisi…………………………… 55 4.16. Cryptosporidium spp.’nin Buzağı Sağlık Durumu ile İlişkisi……………… 55 4.17. Cryptosporidium spp.’nin Temizlik/Sanitasyon ile İlişkisi………………. 56 4.18. Cryptosporidium spp.’nin Barınaklar ile İlişkisi…………………………… 57 5. TARTIŞMA …………...……….…………………...……...….…………….... 59 6. SONUÇ VE ÖNERİLER ……………………………..…………..………… 81 KAYNAKLAR ..………………………………...……...………………………. 83 Ek 1 (ADÜ-HADYEK) ……………..……………..……………...……………… 123 BİLİMSEL ETİK BEYANI ……………………………………………………. 124 ÖZ GEÇMİŞ …………………………………………...………………………. 12