Culturomics: une méthode d’étude du microbiote humain

International audienceLa culture microbienne a été dans l’histoire de la microbiologie la première technique permettant d’avoir une compréhension des microbes et des maladies qu’ils causaient [1]. Étant une technique longue, fastidieuse et coûteuse, les microbiologistes l’ont progressivement abandonnée à la suite de l’avènement des méthodes moléculaires, à la fin du XXe siècle [1]. La métagénomique appliquée pour la première fois en 2005 au microbiote digestif humain, qui promettait de découvrir l’incultivable, a été par la suite la seule et unique méthode utilisée par les chercheurs pour explorer les écosystèmes complexes, en particulier les microbiotes humains [2]. Cependant, cette technique est associée à de nombreux biais, comme celui dû à l’extraction ou celui résultant du choix des amorces (utilisées pour l’amplification des séquences nucléotidiques), expliquant que les résultats ne soient que rarement reproductibles entre différents laboratoires et que des données contradictoires soient parfois générées au sein d’un même laboratoire [2, 13] (→). Le biais de profondeur1 est probablement une des plus grandes limites actuelles de la métagénomique qui est incapable de détecter les espèces présentes à des concentrations inférieures à 105 ou 106 bactéries par gramme de selles [2, 3]. Plusieurs bactéries pathogènes pour l’homme, telles que Salmonella typhi, Yersinia enterocolitica ou Tropheryma whipplei sont pourtant responsables de pathologies humaines graves alors qu’elles sont présentes à de plus faibles concentrations dans les selles humaines [2]. Ainsi, malgré les progrès considérables que la métagénomique a permis pour étendre la définition du répertoire, une grande partie de ce dernier, dénommée usuellement la « dark matter » et qui correspond à un nombre incalculable de séquences nucléotidiques n’étant assignées à aucun microorganisme connu, résiste à cette avancée technologique et demeure totalement inconnue [4]