Analyse de performances analytiques pour la détection non invasive des mutations activatrices et des mécanismes de résistance dans les cancers bronchopulmonaires

Contexte : le cancer bronchique non à petites cellules compte pour 85 % des cancers pulmonaires qui représentent la première cause de mortalité par cancer dans le monde. Il est plus fréquemment associé à des mutations somatiques activatrices, notamment dans le gène EGFR, qui permettent l’utilisation de thérapies ciblées chez les patients porteurs améliorant fortement la survie et la qualité de vie.Objectif : ce travail a pour but d’évaluer et comparer les performances analytiques de trois techniques de détection sur biopsie liquide des mutations activatrices du gène EGFR impliquées dans les cancers broncho-pulmonaires.Méthodes : des échantillons plasmatiques résiduels de patients ayant servi à la recherche de mutations somatiques au CHU de Brest ont été utilisés rétrospectivement pour tester la validité analytique et les performances diagnostiques de trois tests reposant respectivement sur le séquençage NGS (amplicon, technique de routine), la qPCR et la PCR digitale. Les tests ont ciblé les mutations les plus fréquentes d’EGFR (activatrices et de résistance) et une mutation courante dans KRAS. Le critère principal était la concordance des résultats qualitatifs entre ces techniques et la technique de référence utilisée à Brest.Résultats : 43 échantillons issus de 36 patients ont été testés. La PCR digitale retrouve une concordance de 100 % pour trois des cinq mutations testées (L858R, T790M et G12C), un échantillon discordant revenant muté C797S quand la technique de référence le rend négatif et deux discordances pour les délétions de l’exon 19 où la mutation n’est pas détectée. Pour autant il n’y pas de différence significative pour chacune des 5 mutations entre la PCR digitale et la référence (test de Fisher : p-value entre 0.74 et 1). Les résultats de qPCR étaient ambigus ce qui ne permettait pas leur interprétation.Conclusion : seule la PCR digitale a donné de bons résultats en améliorant la sensibilité analytique. La qPCR n’a pas donné de résultats satisfaisants car elle nécessite une quantité d’ADN trop importante, peu compatible avec les quantités et concentrations d’ADN tumoral circulant. La PCR digitale est intéressante et paraît adaptée pour une application en routine sur ADN circulant qui est un nouvel outil en plein développement