Intensitätsbasierte Qualitätskontrolle und Skalierung von Genexpressionsdaten

Mithilfe von Sequenz-Datenbanken und Genom-Informationen können GeneChips die Expression zehntausender Transkripte parallel messen. Hier wird zunächst eine SPLUS-Bibliothek für GeneChip-Daten entwickelt. Dazu gehört ein Algorithmus zum Gruppieren, Benennen und Kombinieren von Experimenten in Abhängigkeit ihrer Merkmale. Um das Ausmaß der technischen Varianz im Aufarbeitungsprotokoll zu quantifizieren, werden Qualitätskriterien in eigenen und öffentlichen Datensätzen untersucht. Darüber hinaus wird ein Kriterium "Gesamtintensität entwickelt, welches bisherigen Qualitätskriterien in Teilaspekten überlegen ist. Über eine "Skalierung" werden Experimente vergleichbar gemacht. Sechs Bewertungsaspekte ermöglichen die objektive Beurteilung der Standardskalierung im Vergleich zu drei eigenen Entwicklungen. Es ergaben sich Hinweise auf eine Überlegenheit einer dieser Entwicklungen (sum.of.intens-Skalierung) zur Standardskalierung, welche in weiteren Experimenten überprüft werden sollte