Etablierung und Evaluierung einer 16S rDNA-Sequenzdatenbank zur Identifizierung von Nonfermenter-Bakterien

Der schnellen und präzisen Erregeridentifizierung von Nonfermenter (NF)-Bakterien, die vor allem als opportunistische Krankheitserreger bei immungeschwächten Patienten auftreten, kommt im klinischen Alltag eine zunehmend wichtigere Rolle zu. Da die herkömmlichen phänotypischen Identifizierungsmethoden in vielen Fällen ungenau oder falsch sind und meist mehrere Tage bis zum Ergebnis benötigen, ist für diese Erreger der Einsatz genotypischer Methoden zur Identifizierung sinnvoll. Im Rahmen des RIDOM-Projektes wurde deshalb eine qualitätskontrollierte 16S rDNA-Sequenz-Datenbank von NF-Bakterien erstellt. Die anschließende Evaluierung mit 97 klinischen NF-Isolaten zeigte im Vergleich mit anderen Sequenzdatenbanken wie GenBank deutlich bessere Identifizierungsresultate. In einzelnen Fällen war jedoch keine eindeutige Identifizierung anhand der 16S rDNA Sequenz möglich; hier ist eine Kombination mit einem weiteren Sequenzierungstarget wie z.B. dem rpoB Gen denkbar