KAS İNVAZİV OLMAYAN MESANE KANSERİNDE NEXT GENERATİON SEKANS ANALİZİ SONUÇLARI

Gereç ve Yöntem: TUR-Mt sırasında 30 hastadan taze mesane kanseri dokusu elde edildi. Dokularda DNA konsantrasyonu Quibit ile ölçüldü. DNA miktarı 30 nanogramın üstü ve yeterli olmayanlar örnekler konsantre edilerek çalışıldı. Çalışmada 19 hasta değerlendirildi. Bunun yanı sıra JMSU-1 mesane kanseri hücre hattı da incelendi. Pancancer 405 hedefli Celemics NGS paneli kullanıldı. Bu panel 405 gen dizilemesi ve füzyon bölgelerini değerlendirmektedir. Ensembl versiyon 19.4.3 programında referans genom kullanıldı. Hem ekzon hem intron bölgelerinin analizi yapıldı. Hedef baz boyutu 1milyon 286 bin kilobaz idi. NGS cihazından elde edilen data, “FASTQ” alınarak uygun biyoinformatik programları ile değerlendirilerek, varyantların tespiti referans genoma göre yapıldı. FASTQ data BAM verisine dönüştürüldü. Sık görülen somatik mutasyonlarda dizi ve füzyon analizi yapıldı. Tümör mutasyon yükü de (50 cut-off değeri üstü yüksek olarak alındı) araştırıldı.Bulgular: Çalışmada JMSU-1 mesane kanseri hücre hattı ile 19 KİOMK olgusu değerlendirildi. Yaş ortalaması 69 yıl olan olguların 18’i erkek, biri kadındı. Patolojik incelemede, 11 hastada (%57,9) pTa evreli tümör, 8 hasta (%42,1) ise pT1 evreli tümör saptandı. Olguların %52,6’sında düşük dereceli, %47,4’ünde ise yüksek dereceli tümör saptandı. Hastalar EORTC risk sınıflamasına göre gruplandırıldığında, 5 hasta düşük risk grubunda, 5 hasta orta risk grubunda ve 9 hasta yüksek risk grubunda değerlendirildi. JMSU-1 hücreleri ve 19 olguda sık gözlenen mutasyonlar (>%20 olguda saptanan) Resim 1’de verilmiştir. Buna göre FGF10 (%95), ABL1 (%85), PARP4 (%60), APOB (%55), BARD1 (%55), MED12 (%55) ve ASXL1 (%50) en sık gözlenen (>%50) mutasyonlardı. Bu mutasyonlardan BARD1 mutasyonu düşük ve orta riskli olgularda, yüksek riskli olgulara oranla daha fazla saptandı (Sırasıyla %80, vs %80 vs %22,2; p=0,027). PARP4 mutasyonu, düşük risk grubuna göre orta ve yüksek risk gruplarıyla ilişkili bulundu (%20 vs %73,3; p=0,036). BRCA2 ekzon 2 mutasyonu yüksek evre ve derece ile ilişkiliydi. Hedefe yönelik ajanlar açısından 2 şer olguda EGFR, MET, ROS1 mutasyonu izlenirken bir olguda BRAF mutasyonu saptandı. Mutasyonların çoğunluğu ekzonik ve Sayfa 161 / 286bunların çoğunluğu da kopya sayısı varyasyonu özelliğinde saptandı. JMSU-1 hücre hattı ve 7 olguda TMB yüksek (>50) iken, TMB çok yüksek olgu saptanmadı (Resim 2).Sonuç: KİOMK mutasyon oranı yüksek bir tümör grubu olarak karşımıza çıkmaktadır. Mesane kanserinde bireyselleştirilmiş tedavi yaklaşımı için hem hedefe yönelik tedavilerin belirlenmesinde hem de immunoterapi kararında Pancancer sekans analizi yardımcı olabilir. Hedefe yönelik ajanlar açısından bireysel bazda mutasyonlar saptanmıştır. PARP inhibitörleri açısından PARP4 mutasyonunun klinik önemi KİOMK için araştırılmalıdır. İmmunoterapi açısından TMB çok yüksek olgu olmamakla birlikte yüksek saptanması önemlidir. KİOMK için TMB kesim değerinin daha çok olguyu içeren çalışmalarda araştırılarak belirlenmesi gerekmektedir.Teşekkür: Bu çalışmanın gerçekleşmesinde 2020.KB.SAG.037 no’lu BAP projesi kapsamında maddi desteklerinden ötürü Dokuz Eylül Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projesi Komisyonu’na teşekkür ederiz.Anahtar Kelimeler : Mesane tümörü, Kas invaziv olmayan mesane kanseri (KİOMK), Yeni nesil (next generation) sekanslama (NGS) analizi, Genetik analiz, Mutasyon, Tümör mutasyon yükü