Canine whole exome sequencing : hip, hip, hurray?: the quest for genetic solutions for phenotypical problems

De hond is reeds duizenden jaren onze metgezel en heeft een opmerkelijke fenotypische diversiteit. De processen die tot deze diversiteit hebben geleid, hebben er echter onbedoeld ook voor gezorgd dat genetische aandoeningen frequent voorkomen. In deze thesis worden meerdere aspecten van deze genetische aandoeningen onderzocht. Het ontrafelen van genetische aandoeningen start met het bestuderen van het fenotype. Beslissen of iemand gezond of ziek is, is niet altijd gemakkelijk. Het ideale voorbeeld van een aandoening die moeilijk te fenotyperen is, is heupdysplasie. Verscheidene factoren beïnvloeden de prevalentie en diagnostiek van deze aandoening. In de zoektocht naar de genetische oorzaak van ziektes, kan men gebruik maken van “whole exome sequencing (WES)”. Bij WES wordt er specifiek gefocust op de exonen van de proteïne coderende genen. Door het uitbrengen van de WES designs ontdekten we dat er nood was aan software die kon omgaan met variabele overervingspatronen en gebruikt kon worden bij de hond. Met dat doel voor ogen werd het R-package “Mendelian” ontwikkeld. Aangezien WES bij de hond nieuw is, bestonden er nog geen richtlijnen over welke combinaties of aantallen het meest efficiënt zijn in genetische studies. Een analyse bracht aan het licht dat zelfs honden uit onverwante rassen tot 60% van hun varianten deelden. Omwille van deze hoge percentages verwachten we kleine aantallen honden nodig te hebben voor genetisch onderzoek en een beperkte genetische heterogeniteit. Eén van de uiteindelijke doelen van genetisch onderzoek is ziektebestrijding. Om de optimale strategie te bepalen, is het belangrijk om de prevalentie van de aandoening te kennen. Een populatiestudie bracht aan het licht dat de allelfrequenties van 9 verschillende ziektes sterk varieerden van ras tot ras. Uit de grote aantallen dragers blijkt dat puur fenotypische selectie een stuk minder efficiënt zal verlopen dan selectie met behulp van DNA testen