Estudo dos indicadores de gestão laboratorial associados aos métodos de extração de ARN, automatizados e manuais, na deteção de SARS-CoV-2 em exsudados nasofaríngeos

Mestrado em Gestão e Avaliação de Tecnologias em SaúdeOs coronavírus são um grupo de vírus que infetam os humanos e podem causar doenças agudas ou crónicas. Em Dezembro de 2019, foi identificado um novo coronavírus, o SARS-CoV-2, responsável pela doença designada por COVID-19, este vírus demonstrou ser altamente transmissível e em Março de 2020, foi considerado pela Organização Mundial de Saúde uma pandemia mundial. O diagnóstico laboratorial é fundamental na deteção de SARS-CoV-2, permitindo a compreensão da transmissão do vírus, a orientação e monitorização das medidas de controlo de saúde pública e auxiliar na gestão clínica dos pacientes. O diagnóstico laboratorial para o SARS-CoV-2, pode ser feito a partir de técnicas imunológicas (testes de anticorpos virais e antigénios virais) ou de técnicas moleculares [Testes de Amplificação de Ácidos Nucleicos (TAAN)]. O método de referência para a deteção do SARS-CoV-2 são as técnicas moleculares, a Transcrição Reversa seguida de Reação em Cadeia da Polimerase em tempo real (RT-PCR), que compreende um passo prévio de extração do genoma viral das amostras biológicas. A extração do genoma viral pode ser feita de múltiplas formas, sendo estas organizadas em métodos manuais e automáticos. Este estudo focou-se no estudo de indicadores de gestão laboratorial associados aos métodos de extração do RNA viral de amostras biológicas, para a deteção de SARS-CoV-2 por RT-PCR. Para tal, foram utilizados dados provenientes do laboratório de diagnóstico para COVID-19 do Centro Académico de Investigação e Formação Biomédica do Algarve (ABC), referentes a um tipo de método de extração manual e outro automático. As variáveis estudadas neste projeto foram: tempo de realização de cada um dos métodos de extração em estudo, os custos associados, a gestão de stock e logística e a complexidade na execução dos dois protocolos. Em suma, o método de extração automático revelou ser o método mais vantajoso para a gestão laboratorial, porque é o mais rápido, tem menos custos associados e o material para a execução deste método ocupa menos espaço de armazenamento. A principal desvantagem do método de extração automático foram os custos associados ao kit, principalmente se for utilizado na extração de um número reduzido de amostras. Conclui-se que o método de extração automático é o que melhor favorece o fluxo de trabalho laboratorial, quando é necessário a extração de muitas amostras, favorecendo a organização de equipas, a preparação de material e é o que demonstrou ser menos complexo na execução da técnica, por parte dos operadores.ABSTRACT - Coronaviruses are a group of viruses that infect humans and can cause acute or chronic illness. In December 2019, a new coronavirus was identified, SARS-CoV-2, which causes the disease called COVID-19, this virus has been shown to be highly transmissible and in March 2020, it was considered a global pandemic by the World Health Organization. Laboratory diagnosis is critical for the detection of SARS-CoV-2, allowing the understanding of virus transmission, the guidance and monitoring of public health control measures, and the management of patients. Laboratory diagnosis for SARS-CoV-2 can be performed using immunological techniques (viral antibody and viral antigen tests) or molecular techniques (Nucleic Acid Amplification Tests). The reference method for SARS-CoV-2 detection is molecular techniques, such as Reverse Transcription followed by Real-Time Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR), which comprises a previous step of viral genome extraction. Viral genome extraction can be done in multiple ways, which are organized into manual and automated methods. This study focused on the study of laboratory management indicators associated with viral RNA extraction methods from biological samples for the detection of SARS-CoV-2 by RT-PCR. This study includes data from the diagnostic laboratory for COVID-19 of the Algarve Biomedical Center (ABC), referring to one type of manual and another automatic extraction method. The variables were: the time to perform each of the extraction methods under study, the associated costs, the stock management and logistics, and the complexity of performing the two protocols. In summary, the automatic extraction method proved to be the most advantageous method for laboratory management, because it’s the fastest, has lower associated costs and the material for the execution of this method occupies less storage space. The main disadvantage of the automatic extraction method was the costs associated with the kit, especially if it is used for extracting a small number of samples. We conclude that the automatic extraction method is the one that best serves the laboratory workflow when the extraction of many samples is necessary, favoring the organization of teams, and preparation of material, and is also considered the least complex by the operators.N/