De Novo Diploid Assembly Using Third-Generation Sequencing Data

Dolaskom treće-generacije tehnologija očitavanja DNA, problem sastavljanja genoma je postao pristupačniji. Potaknuti time, u ovom radu istražujemo problem sastavljanja genoma diploidnog organizma. Uz opis algoritama koji se koriste u različitim fazama sastavljanja genoma diploidnog organizma, pokazujemo primjenu u stvarnom svijetu nadogradnjom Ravena, postojećeg de novo sastavljača genoma, kako bi podržao sastavljanje genoma diploidnih organizama.With the advent of third-generation sequencing technologies, the problem of genome assembly is more approachable than ever. We leverage this to explore diploid genome assembly. In this work we discuss algorithms used in various phases of diploid genome assembly, and adapt Raven, an existing de novo genome assembler to work with diploid organisms