Identification of microsatellite Loci in Viola - Loricariichthys anus (Valenciennes, 1840).

n Brazil there is a rich diversity of fish, however, little is known about the biology of different species. The Viola - Loricariichthys anus - is a native species of southern South America which has great economic potential and requires great attention towards conservation. Microsatellite markers are a great tool for the genetic study, conservation and breeding of fish, especially with the next-generation sequencing technologies that reduce costs and optimize time and results. The objective was to identify microsatellite loci for the non-template species L. anus and know how the species is and behave genetically. DNA extraction was performed by the modified glass silica extraction protocol. A genomic library shotgun paired-end was prepared by Kit Nextera Illumina DNA Library protocol and then sequenced in a MiSeq Illumina sequencer and 1,103,580 of obtained readings were analyzed in PAL_FINDER_V0.02.03 program to recognize the microsatellite markers. Were obtained 444 microsatellite loci potentially amplifiable (PALs), of which 161 were dinucleotides, 65 were trinucleotides, 170 were tetranucleotides, 32 and 16 pentanucleotides and hexanucleotides. A group of twelve loci were chosen for validation by PCR. These 6 were amplified - four dinucleotides and two tetranucleotídes. However, we can define the sequencing strategy through library shotgun paired-end MiSeq platform (Illumina) presented itself effective even with a low number of PALs when compared with other studies, as well as being quick and inexpensive to develop microsatellite markers for non-template species such as the viola.Sem bolsaNo Brasil existe uma rica diversidade de peixes, porém, pouco se conhece sobre a biologia das diferentes espécies. A Viola – Loricariichthys anus – é uma espécie nativa do sul da América do Sul que possui grande potencial econômico e que necessita de uma grande atenção em relação à conservação. Os marcadores microssatélites são uma ótima ferramenta para o estudo genético, conservação e melhoramento genético de peixes, ainda mais com as tecnologias de nova geração de sequenciamento, que diminuem os custos e otimizam o tempo e os resultados. O objetivo do trabalho foi identificar loci microssatélites para a espécie não-modelo L. anus para posteriormente conhecer como a espécie está e se comporta geneticamente. A extração de DNA foi realizada pelo protocolo de extração de sílica de vidro modificada. Uma biblioteca genômica shotgun paired-end foi preparada através do protocolo Kit Illumina Nextera DNA Library, sendo então sequenciada em um sequenciador MiSeq Illumina e as 1.103.580 leituras obtidas foram analisadas no programa PAL_FINDER_V0.02.03 a fim de reconhecer os marcadores microssatélites. Foram obtidos 444 loci microssatélites potencialmente amplificáveis (PALs), dos quais 161 eram de dinucleotídeos, 65 de trinucleotídeos, 170 de tetranucleotídos, 32 de pentanucleotídeos e 16 de hexanucleotídeos. Um grupo de doze loci foram escolhidos para validação através da técnica de PCR, destes 6 foram amplificados – quatro dinucleotídeos e dois tetranucleotídeos. Contudo, podemos definir que a estratégia de sequenciamento através de biblioteca shotgun paired-end da plataforma MiSeq (Illumina) apresentou-se eficaz mesmo apresentando um baixo número de PALs quando comparado a outros trabalhos, além de ser rápida e de baixo custo, quando comparada a técnicas antigas, para desenvolver marcadores microssatélites para espécies não modelo como a viola