Revistando o genoma de Eimeria spp.: resquícios de marcadores de patogenicidade (ROP, SAG e pseudogenes) de coccidiose aviária

TCC(graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Biológicas. Biologia.A coccidiose aviária é uma doença causada por sete espécies do gênero Eimeria, pertencentes ao filo Apicomplexa, caracterizado principalmente pela presença de uma região denominada complexo apical. A coccidiose aviária causa perdas à indústria avícola na ordem de milhões de dólares anualmente, de modo que o estudo do conteúdo genômico e produtos gênicos destes parasitos pode auxiliar no desenvolvimento de métodos de diagnóstico, profilaxia e vacinação. De acordo com a literatura, os genes pertencentes às famílias gênicas ROP e SAG são os principais fatores responsáveis pela patogenicidade do gênero. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi remontar os genomas, predizer e anotar os seus produtos gênicos, assim como buscar pseudogenes marcadores das famílias ROP e SAG nas sete espécies de Eimeria causadoras da coccidiose aviária. Primeiramente, foram obtidos os dados de sequenciamento disponíveis na base de dados do GenBank e, em seguida, efetuado o controle de qualidade e montagem dos genomas com base em referência. Realizou-se a predição de proteínas, RNAs e pseudogenes, sendo que suas funções foram estabelecidas com base em similaridade com os bancos de dados SwissProt e ToxoDB. Todas as montagens apresentaram melhoria nos indicadores, com destaque para a redução no número de scaffolds, cuja menor redução foi de 17% para E. necatrix e a maior redução foi de 73%, para E. brunetti. A melhoria dos indicadores foi possível sem perda de informação, ou seja, conteúdo GC, tamanho de genoma e número de repetições mantiveram-se semelhantes aos genomas depositados no GenBank. As predições de RNAs acompanham esta tendência, mantendo o número de genes dos genomas de referência. Foram preditos snoRNAs, cuja comparação com as respectivas referências não é possível, de modo que a identificação desses produtos pode auxiliar a formular e responder perguntas futuramente. Houve um salto no número de proteínas preditas em todos os genomas, bem como a diminuição do número de proteínas hipotéticas. As famílias ROP e SAG foram identificadas em níveis semelhantes ao encontrado nas referências. Os pseudogenes preditos mostram que apenas a família SAG deixa marcas no genoma de possíveis inativações ou fragmentações de genes ao longo do processo evolutivo. Para a família ROP poucos pseudogenes foram identificados. A predição de pseudogenes provoca dúvidas sobre a possível função regulatória destas sequências, já descrita na literatura, mas ainda não identificados para os parasitos causadores da coccidiose aviária. Deste modo, este trabalho representa um salto na melhoria dos genomas e identificação de novas estruturas que possam vir a contribuir com novas pesquisas e estratégias de mitigação da doença