Karakterisasi Molekuler Berbasis Sekuen 16S rRNA, Uji Biokimia, dan Bioassay Bakteri Resisten dan Degradator Pestisida Klorpirifos Asal Rhizosfer Bawang Merah

Penggunaan pestisida secara terus-menerus, tidak sesuai dosis, dan frekuensi aplikasi dapat menyebabkan residu klorpirifos terakumulasi dalam tanah. Bakteri indigenous tanah koleksi Laboratorium Agroekologi Fakultas Pertanian Universitas Jenderal Soedirman yang memiliki sifat resistensi terhadap klorpirifos berdasarkan penelitian sebelumnya berpotensi digunakan sebagai agen bioremediator. Bakteri ini juga memiliki karakter Plant Growth Promoting Rhizobacteria (PGPR) sehingga perlu dilakukan identifikasi dan karakterisasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakter molekuler, karakter biokimia, karakter PGPR, dan respon fase perkecambahan tanaman tomat saat aplikasi bakteri uji. Penelitian dilaksanakan bulan Januari – Maret 2022 di Laboratorium Agroekologi Fakultas Pertanian Universitas Jenderal Soedirman, Purwokerto. Isolat bakteri yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari lahan pertanian bawang merah Kabupaten Brebes, Kecamatan Ketanggungan dengan kode isolat BR1s dan CL5s. Tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini, yaitu peremajaan isolat bakteri, pengiriman sample isolat ke PT. Genetika Science untuk dilakukan analisis sekuensing gen 16S rRNA, penentuan kemiripan dengan spesies terdata di GenBank dengan analisis bioinformatika N-Blast, pembuatan pohon filogenetik 15 isolat data GenBank yang memiliki kemiripan tinggi, karakterisasi biokimia (uji produksi H2S, simmons citrate, methyl red, vogues-proskauer, hidrolisis pati, hidrolisis urea, gelatinasi, oksidatif/fermentatif, dan CMC), karakterisasi PGPR (uji penambat N, pelarut P, dan penghasil IAA), dan bioassay terhadap fase perkecambahan tanaman tomat untuk mengetahui pengaruh aplikasi bakteri terhadap variabel perkecambahan dan karakter agronominya. Hasil analisis bioinformatika menunjukkan bahwa isolat BR1s memiliki tingkat kemiripan 97,73% dengan Bacillus tropicus dan isolat CL5s memiliki tingkat kemiripan 99,93% dengan Priestia flexa. Kedua isolat menunjukkan respon positif pada karakterisasi biokimia dengan uji methyl-red, hidrolisis pati, gelatinasi, dan oksidatif/fermentatif. Kedua isolat menunjukkan positif terhadap karakter PGPR, yaitu pelarut P dan penambat N. Hasil bioassay menunjukkan aplikasi isolat bakteri BR1s meningkatkan variabel potensi tumbuh maksimum, daya kecambah, kecepatan tumbuh, bobot kering kecambah normal, tinggi tanaman, panjang akar, dan jumlah daun. Isolat CL5s hanya meningkatkan variabel jumlah daun