Skriveni Markovljevi modeli predstavljaju statističku metodu uvedenu 60-tih godina prošlog stoljeća, kojom se neki sustav modelira pomoću Markovljevog procesa, koji ima nepoznata (odnosno „skrivena“) stanja. Markovljevi procesi važan su primjer slučajnih procesa kod kojih postoji zavisnost među varijablama. Markovljevo svojstvo, pojednostavljeno rečeno, kaže da će u bilo kojem trenutku uvjetna vjerojatnost događaja u neposrednoj budućnosti, ako je poznata sadašnjost i prošlost, biti jednaka uvjetnoj vjerojatnosti gdje je poznata samo sadašnjost. Jedna od prvih primjena ove metode vezana je uz procesiranje govora (engl. speech recognition). Od 80-tih godina nadalje intenzivno se primjenjuje u bionformatici (analizi DNK i proteinskih nizova),...