Phenotypic and genotypic characterization of Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi Isolates and disease prevalence of olive knot disease in Marmara region of Turkey

Marmara Bölgesinde Tekirdağ, Çanakkale, Balıkesir, Bursa ve Yalova illerindeki zeytin üretim alanlarında survey yapılarak, Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi’nin neden olduğu dal kanseri hastalığının yaygınlığı araştırılmıştır. Hastalığın yaygınlık oranı Çanakkale’de %100, Balıkesir’de %81, Tekirdağ’da %66, Bursa’da %4 oranlarında saptanırken, Yalova’da hastalığa rastlanılmamıştır. Hastalığın bahçe içindeki bulunuş oranının Çanakkale’de %73, Balıkesir’de %56, Tekirdağ’da %30 ve Bursa’da %0.6 olduğu tespit edilmiştir. Marmara Bölgesinden toplanan 104 hasta bitki örneğinden King B ve PVF1 besi yerlerine yapılan izolasyonlarda, tütünde aşırı duyarlılık reaksiyonu pozitif olan 208 bakteri izolatı elde edilmiştir. Bunların içerisinden seçilen 38 bölge izolatı ve bir referans izolat (CFPB 1672) ile yapılan patojenite testlerinde bu izolatların tümünün Edremit çeşidi zeytin fidanlarında patojen olduğu saptanmıştır. Patojenite testi sonucu 88 adet re-izolat elde edilmiş ve tanı testlerinde kullanılmıştır. İzolatların tamamı gram negatif, oksidaz negatif, patates dilimlerinde pektolitik aktivite negatif, SNA besi yerinde levan olmayan tipte koloniler üretmişlerdir. Arginin dehidrolaz aktivitesi negatif ve tütünde aşırı duyarlılık reaksiyonu pozitif olarak belirlenmiştir. Tanı sonuçları, BIOLOG, spesifik PCR ve yağ asit analizlerine dayanan mikrobiyal tanı sistemine (MIS) göre teyit edilmiştir. Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarının tüm hücre yağ asitleri (FAME) komposizyonuna göre karşılaştırıldığında, fenotipik olarak %96.7, BOX-PCR’a dayanan küme analizlerine göre genotipik olarak %97.4 oranında birbirine benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir.Olive growing areas in Tekirdağ, Çanakkale, Balıkesir, Bursa, and Yalova cities of Marmara region were visited and prevalence and incidence of olive knot disease were noted. Disease prevalence was recorded as 100, 81, 66, 4 and 0% in Çanakkale, Balıkesir, Tekirdağ, Bursa and Yalova, respectively. Disease incidence was 73, 56, 30 and 0.6% in Çanakkale, Balıkesir, Tekirdağ and Bursa, respectively. Totaly 208 bacterial strains which showed positive hypersensitive reaction on tobacco leaves were isolated from 104 diseased plants on King’s medium B and PVF1 medium from Marmara region. Pathogenicity tests were performed with selected 38 strains and a reference strain (CFPB 1672). All strains were pathogenic on olive plants cv Edremit. Eighty eight strains were re-isolated and used in identification tests. All strains were gram negative, oxidase negative, pectolytic activity negative, levan negative, and arginin dehydrolase negative, but hypersensitive reaction on tobacco leaves was positive. The identification of the strains was confirmed by BIOLOG, spesific-PCR and microbial identification system (MIS) based on whole cell fatty acids. Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi strains showed phenotypic similarity as a ratio of 96.7% by whole cell fatty acid compositions. The strains were genotypically similar as a ratio of 97.4% by polymorphism in BOX-PCR