Análisis genómico de cepas SARM y SASM del linaje CC398 aisladas de humanos, animales y muestras ambientales

Introducción: El linaje CC398 se asocia con cepas de Staphylococcus aureus resistente a meticilina (SARM) relacionadasepidemiológicamente con el ganado (CC398 clado animal) que pueden causar infecciones en humanos, especialmenteen aquellos ligados al sector porcino. Recientemente ha emergido, fundamentalmente en cepas invasivas en pacientessin relación con animales, la variante SASM-CC398 que constituye un clado de posible origen humano.El objetivo de este trabajo es el análisis de los genomas completos de cepas CC398 (SASM y SARM), procedentes dehumanos, cerdos, cigüeñas y aguas para el estudio de características determinantes de los clados animal y humano.Material y Métodos: Se estudiaron las secuencias completas de 23 aislados de S. aureus del linaje CC398 (18 SASM, 5SARM), obtenidos de distintos orígenes. Mediante el programa Geneius Prime se analizaron los SNPs que permiten suasignación a los clados animal o humano, la presencia y localización del fago Sa3 portador del gen scn del IEC, la isla depatogenicidad de origen porcino (SAPIpig), tipado agr, spa y MLST, el resistoma, variantes de blaZ, polimorfismos enPBPs y otros genes relacionados con la resistencia a beta-lactámicos.Resultados: Se asignaron 14 cepas al clado humano (todos SASM) y el resto al clado animal (5 SARM, 4 SASM). Todas lascepas del clado humano presentaban el gen scn, además de 4 del clado animal (2 SARM, 2 SASM). Se detectaron 9 spa-tipos distintos, 4 característicos del clado animal (t011, t899, t1197, t4358) y 5 del clado humano (t571, t1451, t3625,t6606, t13938). Los agr detectados fueron tipo I (n=22) y tipo II (n=1, SARM de agua y clado animal). La SAPIpig selocalizó en 6 cepas, todas ellas del clado animal y una cepa scn-positivo. El fago portador del sistema IEC se insertó endos posiciones diferentes del gen hlB en 17 de las 18 cepas scn-positivas; en la cepa restante el fago Sa3 se insertó enotra posición. Se han detectado dos variantes del gen blaZ en las cepas CC398: A (4 cepas, 2 de ellas con alotipo 2), B (14cepas, 9 alotipos diferentes). Se han detectado distintos polimorfismos en los genes de las PBPs. Los genes erm(T) ycadD (asociados con resistencia a eritromicina y cadmio, respectivamente) se detectaron de forma conjunta en todas lascepas del clado humano. El gen tet(M) (asociado con resistencia a la tetraciclina) se detectó en todas las cepas del cladoanimal.Conclusiones: 1) Todas las cepas asociadas al clado humano fueron SASM, y contenían los genes scn, erm(T) y cadD. 2)Las cepas SARM fueron todas de origen animal y albergaban el gen tet(M). 3) Dos cepas SARM del clado animalcontenían el IEC lo que supone un grave problema de salud pública ya que poseen una ventaja para colonizar y/oinfectar seres humanos. 4) La presencia conjunta de erm(T) y cadD puede ser marcador de cepas del clado humano. 5) Elgen hlB se encuentra truncado debido a la inserción de un bacteriófago portador del IEC