Développement de marqueurs moléculaires chez le pin maritime (Pinus pinaster Ait.) et cartographie génétique comparée des conifères

Le pin maritime (Pinus pinaster Ait.) est une espèce de première importance écologique et économique pour le Sud-Ouest de l'Europe. En France, il fait l'objet d'un programme d'amélioration génétique depuis les années 1960 et bénéficie depuis une dizaine d'années des apports de la génomique. Afin de construire une carte génétique saturée et de la comparer aux cartes d'autres espèces de conifères, différents types de marqueurs moléculaires ont été développés en utilisant à la fois des techniques de biologie moléculaire et des outils bioinformatiques. Au total, 766 marqueurs AFLP, 54 EST, 9 SNP et 30 SSR polymorphes ont été cartographiés. Les marqueurs AFLP ont permis de saturer rapidement le génome, les marqueurs orthologues (EST et SSR) ont alors permis de comparer les cartes de Pinus pinaster et de Pinus taeda et d'identifier des groupes de liaison homologues entre ces deux espèces. Cette étude a été complétée par une analyse bibliographique et a permis de montrer que le génome des Pinaceae n'avait pas subi de profond bouleversement depuis la divergence des genres et des espèces il y a 150 à 100 millions d'années. D'un point de vue appliqué, cette étude a permis de vérifier la position de QTL et de gènes candidats liés à la qualité du bois chez les pinsMaritime pine (Pinus pinaster) is an economically and ecologically important forest tree species in southwestern Europe. A breeding program was started by INRA in the 60's and was recently enhanced by the toolkits of genomics. The objectives of the present work were twofold: 1/ construct a saturated genetic linkage map for maritime pine and 2/ compare this map to that of other conifers. Molecular and in silico approaches were used to develop molecular markers. A total of 766 AFLPs, 54 ESTs, 30 SSRs and 9 SNPs were mapped. While AFLP markers made it possible to quickly saturate the linkage map, ESTs and SSRs were used as orthologous markers to align the P. taeda and P. pinaster maps. Homologous linkage groups between the two species were identified. Together with literature data our results indicate that the genome structure of conifer species did not profoundly change since their ancient divergence time. As an application to this study, QTL and candidate genes for wood quality in pines were verifie