Caracterización de bacterias asociadas a la rizósfera de Vaccinium floribundum en el páramo de Ganquis provincia de Chimborazo.

En la presente investigación se realizó una caracterización de bacterias asociadas a la rizosfera de Mortiño (Vaccinium floribundum) proveniente del Páramo de Ganquis provincia de Chimbrazo. El procedimiento comenzó con la toma de tres muestras biológicas de suelo de la rizosfera de mortiño guardándolas en bolsas etiquetadas en un cooler, el análisis de perfil taxonómico mediante secuenciación masiva paralela de la región 16S para Bacterias comenzó con la extracción y purificación del ADN bacteriano tomando 500gr de suelo de cada muestra y con la ayuda del instrumento FastDNA™ SPIN Kit for Soil se extrajo el material genético purificado, posteriormente se realizó el análisis de calidad del material genético extraído mediante una amplificación del gen 16S ARN, en la elaboración de las bases de datos las lecturas obtenidas fueron limpiadas y ensambladas mediante softwares bioinformáticos, eliminándose las secuencias quiméricas mejorando la calidad de los resultados. En los resultado de este proceso bioinformático se obtuvieron 488 unidades taxonómicas operacionales (OTU´s), bacterianas que fueron organizadas taxonómicamente desde el phylum hasta la especie, según los criterios de clasificación se identificaron bacterias benéficas y patógenas para plantas, bacterias de función no definida y bacterias de otras funciones no relacionadas con las plantas, se clasificaron 9 filos bacterianos de los cuales, el más abundante es el filo proteobacteria conformado por 219 OTU´s, correspondiente al 45% del total de OTU´s identificadas. Concluyéndose que de las 488 OTU´s identificadas se encontraron 196 OTU´s de actividad benéfica, 6 OTU´s de actividad patógena, 232 OTU´s de función no definida y 54 OTU´s de funciones no relacionadas con las plantas. Se recomienda realizar un análisis de secuenciamento de metagenomas y metatranscriptomas, para comprobar las funcionalidades sugeridas para las OTUs bacterianas de este estudio.In this research, the characterization of bacteria associated with the rhizosphere of Mortiño (Vaccinium floribundum) from the Ganquis paramo, Chimborazo province, was carried out. The procedure began with the collection of three biological samples of soil from the rhizosphere of mortiño and storing them in labeled bags in a cooler. Taxonomic profiling analysis by massively parallel sequencing of the 16S region for Bacteria began with the extraction and purification of bacterial DNA, taking 500gr of soil from each sample and using the FastDNA™ SPIN Kit for Soil instrument, the purified genetic material was extracted. The quality analysis of the extracted genetic material was then carried out by amplification of the 16S RNA gene. In the elaboration of the databases, the readings obtained were cleaned and assembled using bioinformatics software, eliminating chimeric sequences, and improving the quality of the results. The results of this bioinformatics process yielded 488 bacterial operational taxonomic units (OTU's), which were taxonomically organized from phylum to species. According to the classification criteria, beneficial and pathogenic bacteria for plants, bacteria of undefined function, and bacteria of other functions not related to plants were identified. It was classified 9 bacterial phyla, of which the most abundant is the phylum Proteobacteria, comprising 219 OTU's, corresponding to 45% of the total number of OTU's identified. It was concluded that of the 488 OTU's identified, 196 OTU's of beneficial activity, 6 OTU's of pathogenic activity, 232 OTU's of undefined function, and 54 OTU's of non-plant- related functions were found. It is recommended to carry out a metagenome and meta transcriptome sequencing to verify the suggested functionalities of the bacterial OTU's in this study