Studi Filogenetik Ular Pucuk (Ahaetulla Sp. Link, 1802) (Serpentes: Colubridae) Berdasarkan Urutan Gen Cytochrome B (Cyt-B) Dan 12s-Rdna Di Paparan Sunda Dan Sunda Kecil

Sejarah Geologi wilayah Indonesia pada masa lalu yang berasal dari Paparan Sunda dan Paparan Sahul mempengaruhi pola distribusi fauna yang ada hingga saat ini. Selain itu, sejarah geologi juga mempengaruhi pola spesiasi organisme dikarenakan adanya proses adaptasi dan isolasi geografis. Salah satu fauna yang memiliki persebaran luas di Indonesia adalah ular pucuk (Ahaetulla sp.). Ular Ahaetulla terdistribusi luas dari Pulau Sumatra, Jawa, Kalimantan, Jawa, Bali, Nusa Tenggara, Sulawesi, dan pulau-pulau kecil di sekitarnya (Das, 2015). Meski telah terdistribusi secara luas di beberapa Pulau Indonesia, penelitian tentang filogenetik ular Ahaetulla masih berdasarkan data morfologi. Penelitian berdasarkan data morfologi menunjukkan tidak ada perbedaan karakter yang signifikan dari ular A. prasina dari beberapa pulau di Indonesia (Leo dkk, 2015). Oleh karena itu penelitian ini akan menentukan filogenetik Ahaetulla berdasarkan data molekuler yaitu gen Cyt B dan 12S rDNA yang merupakan bagian dari mtDNA. MtDNA banyak digunakan sebagai barcode untuk mengidentifikasi spesies karena mtDNA memiliki sifat maternal inheritace, conserve, dan polimorfisme (Figueroa dkk, 2016). Berdasarkan urutan gen Cyt B dan 12S rDNA akan ditentukan pohon filogeni untuk ular Ahaetulla yang berasal dari Paparan Sunda dan Sunda Kecil. Isolasi DNA pada 16 sampel ular Ahaetulla, uji kualitatif DNA, amplifikasi dan sekuensing dilakukan untuk mendapatkan urutan gen Cyt B dan 12S rDNA. Analisis sekuens dan alignment dilakukan menggunakan software MEGA7.0, pembentukan pohon filogenetik menggunakan software PAUP dan Mr.Bayes, penentuan estimasi waktu divergensi menggunakan software BEAST, dan konstruksi haplotype network menggunakan software DNAsp dan Network5.0. viii Hasil analisis jarak genetis pada Genus Ahaetulla menunjukkan adanya dua grup yang memiliki jarak genetis cukup besar, yaitu >3% untuk gen 12S-rDNA dan >5% untuk gen Cyt-B. Merujuk pada Jeong (2013), maka berdasarkan perbedaan jarak genetis teridentifikasi ada 2 spesies Ahaetulla yang berbeda. Berdasarkan hasil analisis morfologi ditentukan bahwa kedua spesies tersebut yaitu A. prasina dan A. mycterizans yang terdeteksi melalui perandingan karakter diagnostik. Pohon filogenetik Genus Ahaetulla menunjukkan dua grup yang terpisah yaitu, yaitu grup A. prasina dan A. mycterizans. Hasil analisis filogenetik ini juga memunculkan temuan baru keberadaan A. mycterizans di Lombok. Haplotype network Genus Ahaetulla menggambarkan perbedaan antara kelompok A. prasina dan A. mycterizans. Perbedaan terdekat antara dua spesies tersebut diindikasikan adanya perbedaan 37 titik basa nukleotida pada gen 12S-rDNA, tepatnya A. prasina dari Malang dan A. mycterizans dari Banten. Perbedaan basa nukleotida antara A. prasina dari Malang dan A. mycterizans dari Lombok sejumlah 37 titik terjadi pada sekuens ke- 11-17, 64, 72, 111, 119, 126, 139, 175-178, 209, 219, 222-223, 232, 282-284, 306, 402, 508, 533, 554-555, 561-562, 554-555. Dari data tersebut bisa dianalisis bahwa perbedaan basa nukleotida pada gen 12S rDNA dari dua spesies ini banyak terjadi pada basa antara 11 sampai 284, sedangkan untuk sekuens antara 300-500 sedikit sekali terjadi mutasi. Berikutnya perbedaan banyak terjdi lagi untuk sekuens ke-508 sampi 555. Hal tersebut menunjukkan bahwa pada sekuens 12S rDNA terdapat daerah yang mempunyai laju mutasi lebih tinggi dan ada daerah yang bersifat lebih conserve. Adanya daerah yang mengalami banyak titik mutasi tersebut mendorong adanya spesiasi yang membedakan karakter A. prasina dan A. mycterizans. Estimasi waktu divergensi Genus Ahaetulla menunjukkan spesiasi Genus Ahaetulla di Paparan Sunda dan Sunda Kecil terjadi pada akhir oligosen sekitar 24,9 Ma dimana pada masa itu terjadi proses spesiasi yang tinggi di kawasan Asia. Penemuan baru keberadaan A. mycterizans di Lombok dapat menambah daftar temuan spesies ular yang mendiami Pulau Sunda Kecil yang sebelumnya dilakukan De Lang (2011) sebanyak 29 spesies. Penemuan ini juga menambah area distribusi A. mycterizans, yang sebelumnya hanya tercatat di Jawa, Sumatra, Malaysia dan Thailand (wilayah Paparan Sunda)