PENGEMBANGAN PENANDA MULTIPLEX PCR UNTUK IDENTIFIKASI BAKTERI Aeromonas hydrophila

Dalam suatu kegiatan budidaya ikan, banyak permasalahan yang dihadapi oleh para pembudidaya ikan salah satunya adalah permasalahan penyakit. Salah satu penyakit yang disebabkan oleh bakteri pada ikan adalah penyakit Motile Aeromonas Septicemia (MAS). MAS merupakan penyakit serius yang menyerang semua jenis ikan air tawar di daerah tropis yang disebabkan oleh bakteri Aeromonas hydrophila. Penyakit ini tidak hanya menginfeksi ikan, namun juga patogen terhadap udang dan amfibi. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengembangkan primer multiplex untuk pendeteksian Aeromonas hydrophila patogen. Terdapat empat sampel bakteri Aeromonas hydrophila dan satu sampel bakteri Aeromonas taiwanensis yang digunakan dalam pengujian ini. Sebelumnya dilakukan perancangan primer secara in silico. Sampel di uji secara molekuler sebagai validasi secara molekuler menggunakan PCR dengan 16S rDNA dan lima gen virulen Aeromonas hydrophila (AerA, alt, ahpA, HlyA, dan ast). Selanjutnya dilakukan uji secara in vitro yaitu pengujian Single dan Multiplex PCR. Hasil amplifikasi seluruh sampel dengan 16S rDNA menghasilkan amplicon 1.500 bp yang menunjukan bahwa sampel yang diuji merupakan mikro organisme. Lima gen virulen primer multiplex dibuat dalam satu set (AerA, alt, ahpA, HlyA, dan ast). Primer dilakukan optimasi secara single PCR dengan rentang Ta 55-65°C dengan Ta yang optimal yaitu 58°C Berdasarkan uji multiplex PCR semua gen yang dirancang berhasil diamplifikasi namun belum ada sampel yang memunculkan ke lima gen yang diuji sehingga penelitian dengan sekuensing pun dibutuhkan sebagai validasi dari sampel yang diuji