Genome-wide characterization of chromatin binding and nucleosome spacing activity of the nucleosome remodeling ATPase ISWI

La struttura dei cromosomi e l‟espressione genica sono influenzati dall‟attività del rimodellatore della cromatina ATP-dipentente ISWI, altamente conservato negli eucarioti[1]. Negli eucarioti superiori ISWI è una proteina ubiquitaria, abbondante e necessaria per la vitalità cellulare [2, 3]. In vitro, ISWI usa l‟energia proveniente dall‟idrolisi dell‟ATP per catalizzare reazioni di “spacing” and “sliding” dei nucleosomi [4]. In Drosophila melanogaster la mancanza della proteina ISWI è in grado di determinare in vivo una profonda alterazione dei livelli trascrizionali di alcuni geni ed una drammatica perdita della struttura complessiva dei cromosomi, facendoli così apparire altamente decondensati, in particolar modo il cromosoma X dei maschi (Figura 1) [2]. Tali difetti sono probabilmente imputabili all‟attività di “spacing” nucleosomale di ISWI. Nonostante i dati presenti in letteratura, ad oggi non è ancora chiaro come sia l‟attività di regolatore trascrizionale che di determinante della struttura cromatinica di ISWI siano associabili con il suo legame alla cromatina e la sua capacità di spaziare i nucleosomi. Pertanto, al fine di chiarire se i difetti della condensazione dei cromosomi e l‟alterazione dell‟espressione genica indotti dall‟assenza di ISWI siano direttamente correlati con la sua attività di spaziatore dei nucleosomi, è stata condotta su scala genomica l‟identificazione dei siti di legame della proteina ISWI alla cromatina (ChIP-chip) utilizzando come organismo modello la Drosophila melanogaster. Inoltre è stata condotta anche l‟analisi dei cambiamenti nel posizionamento dei nucleosomi indotti dalla mutazione ISWI