Tilpasning av en kvantitativ PCR metode for deteksjon av Prymnesium parvum i sjøvann

Prosjektleder Trine DaleEt fellestrekk ved flere av de algene som skaper problemer i akvakultur er at den konvensjonelle metoden for deteksjon og mengdebestemmelse er mikroskop. Når det gjelder skadelige alger er mange arter små og skjøre og blir lett ødelagt ved konservering. Flere arter er vanskelige å identifisere og identifisering krever kvalifisert personell med mye praktisk erfaring. Realtime og kvantitativ real-time PCR (qPCR) metodene er blant de alternative metodene som har blitt testet i overvåkningsøyemed. Helt fra slutten av 1980 tallet har blomstringer av svepeflagellaten Prymnesium parvum vært et problem i Hylsfjorden og tilgrensende fjordsystem, hvor den periodevis har forårsaket betydelig dødelighet hos oppdrettsfisk. Med utgangspunkt i publiserte protokoller har vi tilpasset/utviklet assays for identifisering av P. parvum i vannprøver. I 2018 ble protokollen testet ut i overvåkningsprogrammet som Grieg Seafood Rogaland kjører hver sommer i Hylsfjorden. Programmet av ukentlige vannprøver fra to dyp i perioden mai til desember. Det antydes en deteksjonsgrense på 1000 celler/L ved bruk av denne protokollen. Det ble detektert forekomster av P. parvum i fire prøver med qPCR metoden. P. parum ble ikke detektert med mikroskopi i noen prøver dette året. Lav deteksjonsgrense er viktig fordi det kan avdekke en blomstring som er under oppbygging og dermed gi oppdrettere bedre tid til å iverksette tiltak.publishedVersio