Transcription motif finding in non-model organisms

Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním transkripčních motivů u nemodelových organismů. V první části je vysvětlen proces transkripce, pojem vzájemná informace a algoritmus využívající vzájemnou informaci. V druhé části je popsáno rozdělení metod vyhledávající motivy a příklady algoritmů. Třetí část obsahuje přehled databází transkripčních motivů. Praktická část obsahuje popis vytvoření datasetu pro nemodelový organismus, popis navrženého algoritmu a jeho otestování na datasetu. Následně byly porovnány výsledky navrženého algoritmu s výsledky algoritmů FIRE a MEME.This bachelor thesis deals with the search for DNA motifs in non-model organisms. The first part explains the process of transcription, the concept of mutual information and an algorithm using mutual information. The second part describes the distribution of motif searching methods and examples of algorithms. The third part contains an overview of transcription motif databases. The practical part contains a description of the creation of a dataset for a non-model organism, a description of the proposed algorithm and its testing on the dataset. Then, the results of the proposed algorithm were compared with the results of FIRE and MEME algorithms.