OPTIMASI METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION ) PADA BAKTERI INDIGEN PENDEGRADASI XILAN DARI LIMBAH VINASSE

Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan bakteri indigen dari limbah vinasse yang dapat menghasilkan enzim xilanase serta optimasi amplifikasi DNA bakteri xilanolitik menggunakan metode PCR. Isolasi dan purifikasi isolat bakteri indigen pendegradasi xilan dari limbah vinasse menghasilkan empat isolat bakteri yang berbeda. Uji kualitatif dari empat isolat bakteri didapatkan satu isolat bakteri (IS3) yang merupakan pendegradasi xilan dengan indeks xilanolitik sebesar 0,291 cm. Uji kualitatif aktivitas enzim xilanase selama 7 hari produksi enzim pada medium selektif xylan broth pada suhu 30 0C, 150 rpm dengan metode asam dinitro salisilat (DNS) menghasilkan produk enzim paling tinggi pada hari ke-7 yaitu sebesar 17,42 U/ml. Dalam proses karakterisasi molekuler bakteri xilanolitik indigen dari limbah vinasse perlu dilakukan optimasi metode sebagai tahap awal analisis molekuler. Isolasi DNA dilakukan mengunakan metode ekstraksi DNA genom yang dimodifikasi dari Sina et al., (2010). Isolasi DNA genom bakteri xilanolitik (IS3) menghasilkan pita DNA genom tipis berukuran ± 20000 bp. DNA hasil isolasi digunakan sebagai template dalam optimasi metode PCR. Optimasi PCR dilakukan dengan variasi suhu annealing yaitu 50 0C, 51 0C, 51,5 0C, 52 0C, 55 0C, 56 0C, pengenceran DNA template 2X, 10X, 100X & 1000X, konsentrasi MgCl 2,5 mM & 3,5 mM, penambahan DMSO 5 % dan 10%, serta metode touchdown. Primer yang digunakan untuk mentargetkan gen 16S rRNA menggunakan primer forward 27F dan reverse 1529R. Amplifikasi gen 16S rRNA dengan metode PCR, mendapatkan kondisi optimum amplifikasi DNA genom isolat bakteri xilanolitik IS3 dengan pita DNA sebesar ± 1000 bp pada suhu annealing 52 0C, pengenceran template DNA 1000X dengan konsentrasi DMSO 5% dan konsentrasi MgCl2 2,5 mM