Vankomysiiniresistenttien enterokokkien vanA/B-geenien tunnistusmäärityksen verifiointi GeneXpert® -analysaattorilla

Enterokokit ovat ihmisen suoliston normaaliin mikrobistoon kuuluvia bakteereja. Opportunistipatogeeneina ne voivat aiheuttaa erilaisia infektioita elimistön vastustuskyvyn alennuttua. Ne ovat moniresistenttejä ja usein ainoa antibiootti niiden aiheuttamien infektioiden hoitoon on vankomysiini. Jos myös vankomysiiniä kohtaan on kehittynyt vastustuskyky, on kyseessä VRE, eli vankomysiiniresistentti enterokokkikanta. VRE:n tärkeimpiä aiheuttajia ovat resistenssityypit VanA ja VanB. Opinnäytetyön tarkoituksena oli verifioida vanA- ja vanB -geenien tunnistamiseen käytettävä Xpert vanA/vanB -molekyylitesti Cepheidin GeneXpert® -analysaattorille. Tutkimusmenetelmän verifioinnilla varmistetaan laboratorion kyky täyttää uuden menetelmän suorituskykyvaatimukset ja tuottaa sitä käyttäen luotettavia ja toistettavia, sekä vertailukelpoisia tuloksia verrattuna vakiomenetelmällä saataviin tuloksiin. Menetelmän verifiointi on suoritettava hyväksytysti ennen kuin se voidaan ottaa käyttöön rutiinidiagnostiikassa. Opinnäytetyössä verifiointi rajattiin tutkimaan menetelmän herkkyys, tarkkuus ja toistettavuus. Opinnäytetyö toteutettiin yhteistyössä toimeksiantajan, Seinäjoen keskussairaalan kliinisen kemian ja mikrobiologian toimintayksikön kanssa, kliinisen mikrobiologian laboratoriossa. 38 näytteestä tehtiin rinnakkaismäärityksinä herkkyysmääritykset ja PCR-testaus GeneXpert® -analysaattorilla, jolla määritettiin myös menetelmän toistettavuus. Tulokset analysoitiin kvantitatiivisesti ja menetelmien tuloksia verrattiin keskenään, sekä GeneXpert®:in tuloksia myös referenssilaboratorion ilmoittamiin tietoihin. Toistettavuusajojen tuloksista laskettiin keskihajonta ja CV%. Xpert vanA/vanB -molekyylitesti soveltuu VRE:n tunnistamiseen rutiinidiagnostiikassa herkkyyden, tarkkuuden, sekä toistettavuuden puolesta. Menetelmällä saatavat tulokset vastaavat rinnakkaistuloksia ja toistettavuuden vaihtelu on suhteellisen pientä. Menetelmän käyttöönoton myötä Seinäjoen keskussairaala pystyy nopeuttamaan VRE-infektioiden diagnosointia ja oikean lääkityksen aloittamista potilaille.Enterococci are gram-positive bacteria belonging to the normal microbial system of the human gut. As opportunistic pathogens, they can cause a variety of infections when the body's immune system is reduced. They are multi-resistant and the only antibiotic to treat infections is Vancomycin. If resistance is developed also to Vancomycin, it is a VRE, i.e., a Vancomycin-resistant enterococcal strain. The most important causes of VRE are the resistance types VanA and VanB. The purpose of this thesis was to verify Xpert VanA/VanB molecular test for the identification of VanA and VanB genes on a Cepheid GeneXpert® analyzer. The verification ensures that the laboratory is able to meet the performance requirements of the new method and, thereby, able to produce reliable and reproducible test results, comparable to the results obtained by a standard procedure. The verification of the method must be performed and approved before it can be used in routine diagnostics. In the thesis, the verification was limited to the sensitivity, accuracy, and reproducibility of the method. Sensitivity assays and PCR assays were performed in parallel on 38 samples using a GeneXpert® analyzer, which was also used to test reproducibility of the method. The results were analyzed quantitatively, and the results of the methods were compared to each other, as well as the genes identified by GeneXpert® to the data reported by the reference laboratory. From the results of the repeatability runs were calculated the standard deviation and CV%. The results indicate that the Xpert VanA/VanB molecular test is suitable for the identification of VanA and VanB genes in routine diagnostics in terms of sensitivity, accuracy, and reproducibility. The results obtained by the method correspond to parallel results, and the variability in reproducibility is relatively small. With the introduction of the method, Seinäjoki Central Hospital will be able to speed up the diagnosis of VRE infections and will be able to start the right medication faster than before to patients infected with VRE