Lactobacillus plantarum türlerinin izolasyonu, moleküler tanısı ve Crispr analizi

Sofralık zeytinler dünyadaki başlıca fermente gıdalardan biridir. Laktik asit bakterileri (LAB), sofralık zeytinlerin fermantasyonunda ana role sahiptir. Sofralık zeytin salamuralarında diğer türler, laktik asitten daha az etkilenen ve hızla büyüyen LAB'dan daha yavaş büyümektedir. Böylece fermentasyonun sonuna doğru LAB hakim kalmaktadır. Günümüzde fermente gıdaların tüketimi sağlık yararları, besin değerleri, duyusal özellikleri ve işlevselliği nedeniyle teşvik edilmektedir. Bu özellikler yoğurt ve fermente süt gibi bazı gıdalar için çalışılmıştır. Ancak bitkisel fermantasyon konusunda geliştirilmesi gerekmektedir. Gelecek yılların mücadelesi, bu araştırma alanının geliştirilmesi ve yeni fonksiyonel gıdaların tasarımı olmalıdır. Bu bağlamda bitkisel fermentasyonlarda rol oynayan mikroorganizmaların hızlı identifikasyonu ileri çalışmalar için kolaylık sağlayacaktır. Bu çalışmada, İzmir ve Aydın çevresinden alınan 60 farklı ev tipi salamura zeytin suyundan 40 Lactobacillus sp. izolatı elde edilmiştir. Sırasıyla Lactobacillus ‘un izolasyonu ve identifikasyonu için kültürel yöntemler ve Real-Time PCR kullanılmıştır. Lactobacillus sp.'yi ve L.plantarum’ u identifiye etmek için rRNA intergenik aralayıcı bölgesini hedef alan prob ve primerler kullanılarak, dubleks 5' nükleaz aktivitesine dayalı analiz yapılmıştır. Sonuç olarak bu çalışma, Real-time PCR ile Taqman prob tekniğinin, Lactobacillus cinsi ve diğer müşkülpesent mikroorganizmaların saptanması, tür bazında ayrımı için hızlı ve tekrarlanabilir bir yöntem olarak uygulanabileceğini göstermektedir.Table olives are one of the main fermented foods in the world. Lactic acid bacteria(LAB) have a major role in fermentation of table olives. Other types of bacteria in table olives are growing slower than the rapidly growing LAB, which is less affected by lactic acid. Thus, when the fermentation is over, the LAB is dominated. Today, the consumption of fermented foods is encouraged due to their health benefits, nutritional values, sensorial properties and functionality. These properties have been studied for some foods such as yogurt and fermented milk. However, it needs to be developed on vegetable fermentation. The struggle for the coming years should be the development of this research area and the design of new functional foods. In this context, rapid identification of microorganisms involved in vegetable fermentations will facilitate the future studies. In this study, 40 Lactobacillus sp. isolates were obtained from 60 different house type brine olives taken from İzmir and Aydın. Cultural methods and Real-Time PCR were used for the isolation and identification of Lactobacillus sp., respectively. To identify Lactobacillus sp. and L.plantarum, probes and primers targeting the rRNA intergenic spacer region were analyzed based on duplex 5 'nuclease activity. In conclusion, this study demonstrates that the Taqman probe technique with Real-time PCR can be applied as a fast and reproducible method for the detection of Lactobacillus genus and other mulpesent microorganisms