Comment préserver l'héritage évolutif singulier des végétaux endémiques méditerranéens ?

Diversity patterns represent a temporary state in a dynamic continuum of ecological and evolutionary changes. Thus, conservation policies have to integrate this dynamics to ensure long term conservation of biodiversity. Conservation priorities have to be oriented towards the processes which generate and maintain diversity. An original approach is to assess the capacity of phylogeography as a method to integrate processes of diversification and persistence into conservation. Indeed, the phylogeography allows providing indices for diversification zonation and can be used to delineate the units (e.g. evolutionary significant units) that support diversification at intraspecific level. The main objective of this PhD thesis is to evaluate, in terms of targets and surrogates, the role of phylogeography for conservation of the Mediterranean flora. We based our analyses on two study areas harbouring two endemic plant species with restricted distributions: (i) the coastal ranges of the Maritime Alps where the endemic Acis nicaeensis grows, (ii) the calcareous Provence where the endemic Arenaria provincialis is found. At a sub-regional scale, spatial diversity of Arenaria provincialis showed a spatial distribution of persistence and divergence which reveal the potentials of research on the use of the evolutionary legacy, as a surrogate for biodiversity. Our study highlights the critical role of phylogeography to delineate and assess conservation efficiency of the protected areas as well as in the search for optimal criteria for the defining the conservation strategies. The marked differences in populations of Acis nicaeensis in terms of isolation, size, genetic origin, and ecology but also in terms of its vulnerability to urbanization are highlighted in a local scale. The results demonstrate the important vulnerability of coastal population, whose originality necessitates conservation actions designed for small areas to avoid the loss of Acis nicaeensis evolutionary legacy.Les patrons de diversité ne sont qu’un état temporaire dans un continuum dynamique de changements écologiques et évolutifs. Les politiques de conservation doivent intégrer cette dynamique afin d’assurer la conservation de la biodiversité sur le long terme en orientant les actions vers les processus qui produisent et maintiennent la diversité. Une démarche originale est d’évaluer la capacité de la phylogéographie en tant que méthode pour intégrer les processus de diversification et de persistance des espèces ou des populations. En effet, la phylogéographie permet de fournir des indices sur la zonation de la diversification et sur les entités (e.g. evolutionary significant units) qui soutiennent celle-ci au niveau intraspécifique. L’objectif général de ce travail de thèse est d’évaluer, en terme de cibles et de substituts, l’apport des connaissances sur la phylogéographie à la conservation de la flore méditerranéenne. Nos analyses s’appuient sur deux zones d’étude intégrant deux plantes endémiques à distribution restreinte : (1) les massifs littoraux des Alpes maritimes et l’endémique Acis nicaeensis (Amaryllidaceae), (2) la basse Provence calcaire et l’endémique Arenaria provincialis (Caryophyllaceae). À une échelle infrarégionale, la spatialisation de la diversité, chez Arenaria provincialis, a montré une sectorisation des phénomènes de persistance et de divergence, pouvant initier une recherche sur l’utilisation de l’héritage évolutif comme substitut de la biodiversité. Notre étude met en évidence le rôle déterminant de la phylogéographie dans le positionnement et l’évaluation de l’efficacité des aires protégées, mais aussi dans la recherche de critères optimaux pour la planification des actions de conservation. Les fortes différences de populations chez la nivéole de Nice, en terme d’isolement, de taille, d’originalité génétique et écologique mais également par rapport à leur vulnérabilité face à l’urbanisation sont mises en exergue à très faible échelle. Les résultats soulignent une grande vulnérabilité des populations proches du littoral dont l’originalité appelle à des actions de conservation ciblées sur des surfaces restreintes afin de ne pas perdre l’héritage évolutif de l’espèce