Seroepidemiological study of Zika, Chikungunya and O'nyong nyong virus in Mali

L’impact considérable sur la santé publique en Afrique subsaharienne du paludisme et VIH/SIDA a orienté les efforts de la recherche sur ces. L’absence de moyen de diagnostic et le manque de formation des acteurs de terrains font aussi les pathologies virales émergentes soient négligées. Au Mali, l’épidémie d’Ebola de 2014, au cours de laquelle le taux de mortalité a été environs 60%, a été un déclic qui a incité le ministère de la santé à promouvoir la recherche sur les virus émergents à travers un partenariat avec "Unité des Virus Emergents" d’Aix-Marseille pour mettre en œuvre un programme de recherche, de formation et de transfert de technologies au Mali. La première étape de ce programme a été la détection de la circulation des virus émergents (Zika, Chikungunya, Rift, etc), puis l’identification des groupes cibles dans toutes les régions administratives du Mali. C’est ainsi que nous avons conduit une étude transversale de population dans sept localités éco-climatiques différentes du Mali entre octobre et novembre 2016. En raison de l’insécurité endémique dans la partie nord, les régions de Tombouctou, Gao et Kidal n’ont pas pu être investiguées. Cette thèse rapporte les résultats des études séroépidémiologiques sur les infections liées aux virus Zika, Chikungunya (CHIK) et O'nyong nyong (ONN) au Mali. En utilisant une combinaison de tests ELISA et de neutralisation de virus, la séroprévalence du Zika, du CHIK et ONN a été estimée à à 12%, 13,3% et 29,7% respectivement. La modélisation statistique de nos données a révélé que la transmission du Zika au Mali était endémique dans les zones de savane et épidémique dans les régions semi-arides.The considerable public health impact in sub-Saharan Africa of malaria and AIDS has focused research efforts in these infectious diseases. The lack of diagnostic capability and field workers training of field worker contributed also to neglect of these emerging viral pathologies. In Mali, the 2014 Ebola epidemic during which the mortality rate was 60% was a warning, committing the Malian Ministry of Health to promote research on emerging viruses. The Ministry established a partnership with the "Emerging Viruses Unit" of Aix-Marseille University to implement a research, training, and technology transfer programme in Mali. The first step of this programme was to detect the circulation of emerging viruses (Zika, Chikungunya, Rift, etc), and then to identify target groups in all administrative regions of Mali. Due to security concern in the northern part, the regions of Tombouctou, Gao, and Kidal could not be investigated, but we conducted a population-based cross-sectional survey in seven different eco-climatic localities of Mali between October and November 2016. This thesis reports the results of sero-epidemiological surveys for Zika, Chikungunya (CHIK) and O'nyong nyong viruses (ONN). Using a combination of ELISA and virus neutralisation tests, we estimated the seroprevalence of Zika, CHIK and ONN to be 12%, 13.3% and 29.7% respectively. Modelling statistic revealed that Zika virus transmission in Mali was endemic in the savannah areas and epidemic in the semi-arid regions and made it possible, in a context of strong cross-reactivity, to specify the respective circulations of Chikungunya and O'nyong nyong viruses