Diversity of tuberculosis group mycobacteria in Sub-Saharan Africa

Notre recherche bibliographique portant sur 8,139 séquences génomiques du complexe Mycobacterium tuberculosis dans 34 des 49 pays qui forment l’Afrique Subsaharienne ayant montré l’absence de données pour le Niger dont nous sommes originaire, nous avons investigué des souches cliniques provenant de quatre régions différentes du Niger par une nouvelle approche expérimentale et d’analyse spectrale de spectrométrie de masse et identifié ces souches comme M. tuberculosis, lignée 3 et lignée 4, montrant la possibilité de typage des mycobactéries du complexe M. tuberculosis par spectrométrie de masse. Ensuite, le séquençage génomique de 42 souches provenant de cinq régions du Niger a confirmé l’identification exclusive de l’espèce M. tuberculosis, lignées 1-4 (lignée 4 prédominante, (90,5%) réparties en dix sous-lignées (sous-lignée L4.1.3 prédominante (47,3%). Toutes les souches de cette sous-lignée L4.1.3 étaient résistantes aux antituberculeux et comportaient 72,2% de souches multidrug-resistant, 16,6% de souches pré-MDR et 5,5% de souches extensivement drug-resistant. Certains génotypes ont ensuite été détectés dans 5/99 échantillons de sol collectés autour des résidences des patients tuberculeux, par un système PCR CRISPR-Csm4 que nous avons contribué à développer dans notre laboratoire et confirmés et détectés sensibles à la rifampicine par le test Xpert MTB/RIF Ultra. Les données acquises par nos travaux de Thèse, confirment les disparités microbiologiques du complexe M. tuberculosis entre les différentes régions d’Afrique Subsaharienne et plaident pour la mise en place d’un observatoire tuberculose au Niger, auquel nous pensons contribuer dans les prochaines années.Literature survey of 8,139 genomic sequences of the Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) complex reported in 34 of the 49 countries forming Sub-Saharan Africa showed the absence of data for Niger, where we are from. We investigated clinical M. tuberculosis strains collected in four regions of Niger by a new experimental approach and spectral analysis of mass spectrometry, identified them as M. tuberculosis, lineage 3 and lineage 4, unprecedentedly showing mass spectrometry capability to type M. tuberculosis complex isolates. Further whole genome sequencing of 42 strains collected in five regions of Niger confirmed the exclusive identification of M. tuberculosis sensu stricto lineages 1-4 (predominant lineage 4, (90.5%) divided into ten sublineages (predominant L4.1.3 sublineage (47.3%). All the L4.1.3 sublineage strains were resistant to antituberculous, comprising 72.2% multidrug-resistant strains, 16.6% pre-MDR and 5.5% extensively drug-resistant. Some M. tuberculosis genotypes were also detected in 5/99 soil samples collected around the residences of tuberculosis patients, by a CRISPR-Csm4 PCR system that we contributed to develop in our laboratory; and were confirmed and detected as rifampicin-susceptible by the Xpert MTB / RIF Ultra test. These data acquired in the course of our Thesis concerning Niger confirmed microbiological disparities of the M. tuberculosis complex between the different regions of Sub-Saharan Africa and pleaded for the establishment of a tuberculosis observatory in Niger, to which we expect to contribute in the coming years