Diversity of infectious HIV-1 viruses induced from the reservoir of treated patients

L’existence d’un réservoir viral latent insensible aux traitements, au sein des lymphocytes T CD4+ mémoires, constitue la principale barrière à une cure de l’infection par le VIH-1. Les génomes qui composent le réservoir sont essentiellement défectifs mais la persistance d’une fraction compétente pour la réplication est considérée être à l’origine du rebond viral en cas d’interruption des traitements. La diversité et les paramètres qui régissent le maintien de cette fraction du réservoir restent largement inexplorés bien qu’importants pour la conception de stratégies thérapeutiques visant son élimination. Au cours de cette thèse j’ai exploré la diversité des virus VIH-1 infectieux à partir du réservoir de patients sous traitement. Pour cela, j’ai procédé à l’isolation des virus compétents pour la réplication, issus de la réactivation des lymphocytes CD4+ quiescents qui constituent le réservoir de plusieurs patients. J’ai ensuite procédé au séquençage des génomes complets des virus isolés et j’ai testé leur infectivité à cycle unique. Mon travail révèle que la diversité du réservoir compétent dépend principalement de la durée avant le contrôle de la virémie. Un traitement retardé entraîne une plus grande diversité du réservoir. La durée de traitement efficace, par contre, ne corrèle pas avec la diversité du réservoir ce qui suggère que la complexité du réservoir compétent pour la réplication reflète celle qui existe au début du traitement. J’ai également pu observer la présence de virus identiques dans le réservoir de plusieurs patients. La proportion de virus identiques augmente avec la durée de traitement, ce qui suggère une expansion clonale progressive des cellules infectées pendant le traitement.The existence of a latent viral reservoir within the CD4+ memory T cells, insensitive to treatments, represents the main barrier to HIV-1 cure. The vast majority of the viral genomes that compose the reservoir are defective, but the persistence of a replication-competent fraction is considered to be at the origin of viral rebound during treatment interruption. The diversity and persistence of this fraction of the reservoir remain largely unexplored, although important for the design of therapeutic strategies aimed at its elimination. In the course of this thesis I explored the diversity of the HIV-1 replication-competent reservoir of patients under antiretroviral treatment. For this purpose, I isolated replication-competent viruses from resting CD4+ lymphocytes that constitute the reservoir of multiple patients. Then, I obtained the near full-length sequences of the isolated viruses and tested their single-cycle infectivities. My work revealed that the diversity of the competent reservoir depends mainly on the time before viremia control. Delayed treatment results in greater reservoir diversity. However, the duration of effective treatment does not correlate with the diversity of the reservoir, suggesting that the complexity of the replication competent reservoir reflects the one existing at the beginning of treatment. I have also observed the presence of identical viruses in the reservoir of several patients. The proportion of identical viruses increases with the duration of treatment, suggesting a progressive clonal expansion of infected cells during treatment