Maximization of genetic diversity during the creation of a synthetic pig line

L’utilisation du croisement en production animale permet de combiner chez un même individu les aptitudes complémentaires de races différentes. Utilisé dans le contexte de la création d’une lignée synthétique, il permet de produire des animaux originaux afin de répondre aux besoins de la filière. Dans un objectif de renouvellement de son verrat terminal pour la production de porcs charcutiers, l’entreprise de sélection porcine Nucleus a débuté en 2017 la création d’une nouvelle lignée paternelle, issue d’un croisement trois voies impliquant les races Piétrain, Large White et Duroc. La problématique principale de cette thèse explore l’utilisation des données génomiques pour la gestion des premières générations de cette lignée, dans un objectif de maximiser la diversité génétique avant de démarrer la sélection. Nous avons proposé des outils d’exploitation des données génomiques afin d’obtenir des indicateurs synthétiques de la diversité génétique pour le choix des reproducteurs basés sur les fréquences alléliques et les origines raciales des segments chromosomiques. Puis pour les accouplements, étant donné la persistance de "runs of homozygosity", nous avons proposé des plans d’accouplement permettant de les limiter chez les descendants. Une approche par simulation a permis d’évaluer l’efficacité des stratégies de maximisation de la diversité par rapport à un démarrage de la sélection dès la première génération de la lignée ou à une gestion aléatoire de la population. Nous avons également suggéré un démarrage de la sélection à partir de la cinquième génération post-croisement, compromis raisonnable entre le maintien de la diversité et la nécessité de générer rapidement du progrès génétique. Une analyse exploratoire des paramètres génétiques de caractères pondéraux, de composition de la carcasse et de qualité de la viande a également été conduite afin de préparer le futur programme de sélection.Crossbreeding in livestock allows to combine complementary traits of different breeds in the same individual. Original animals can be produced to meet the needs and demands of the sector by creating a synthetic line. In 2017, the pig breeding company Nucleus started the creation of a new paternal line, resulting from a three-way crossbreeding involving Piétrain, Large White and Duroc breeds. The objective was to replace its current terminal boar line. The work was focused on the use of genomic data for the management of the first generations of this line, with the objective of maximizing genetic diversity before starting selection. We proposed tools to analyze genomic data to obtain practical indicators of genetic diversity for the choice of reproducers. These indicators were based on allelic frequencies and the breed origins of chromosomal segments. We observed the persistence of runs of homozygosity in the genome of the animals, so we proposed mating plans to limit them in the offspring. A simulation study was carried out to evaluate the efficiency of diversity maximization strategies compared to starting selection in the first generation of the line or to randomly managing the population. We also suggested an optimal selection starting point in the fifth post-cross generation, a reasonable compromise between keeping genetic diversity and achieving short term genetic progress. Genetic parameters of growth, carcass composition and meat quality traits were estimated to anticipate the future selection program