Biodiversity conservation in human-dominated landscapes : using heterogeneous data sources to define and complete ecological networks. The case of amphibians in Pays-de-la-Loire

Identifier, conserver et restaurer un réseau fonctionnel d’habitats favorables à la biodiversité est fondamental face aux enjeux écologiques actuels, en particulier dans des régions fortement anthropisées. Cette thèse vise à identifier des réseaux écologiques régionaux liés aux mosaïques paysagères agricoles à partir d’espèces modèles : les amphibiens. Nous avons réalisé des modèles d’habitat favorable (HSM/SDM) pour neuf espèces, essentiellement communes, à l’échelle régionale à partir de données opportunistes. Nous avons constitué un jeu de données indépendant pour l’évaluation à partir de données de sciences participatives filtrées et complétées avec l’aide des réseaux naturalistes. Dans un second temps, nous avons intégré aux SDM des processus multi-échelles liés aux déplacements.Enfin, nous avons compilé des cartes d’habitat favorables pour créer un indice de favorabilité multi-spécifique que nous avons intégré dans une analyse de connectivité régionale puis confronté au réseau de conservation existant. Ces travaux montrent que des données de sciences participatives peuvent être mobilisées pour améliorer l’évaluation des SDM et que l’intégration de processus multi-échelles est pertinente pour augmenter leur pouvoir prédictif. Enfin, nous avons mis en évidence des distributions multi-spécifiques et identifié des lacunes dans le réseau régional de conservation existant. Ce travail pourra contribuer à l’amélioration des politiques de conservation des amphibiens et des mosaïques agricoles associées et à renforcer les liens entre structures académiques et non-académiques.Identifying, maintaining and restoring a functional network of suitable habitats for biodiversity is fundamental in the face of current ecological concerns, in particular in human-dominated regions. This thesis aims to identify regional ecological networks linked to agricultural landscape mosaics using model species: amphibians. We built habitat suitability models (HSM/SDM) for nine, essentially common species at regional scale, from opportunistic data. We obtained an independent evaluation dataset from participatory science data which were filtered and completed with the aid of local naturalist groups. Secondly, we integrated multi-scale processes relating to mobility into the SDM. Finally, we compiled suitability habitat maps to create a multi-specificsuitability index that we integrated into a regional connectivity analysis and then compared to the existing conservation network (protected areas and green infrastructure). This work shows that citizen science data can be useful, after filtering, to improve the evaluation of SDM. In addition, the integration of multiscale processes can help to increase their predictive power. Finally, we have highlighted multi-specific distribution patterns and identified gaps in the existing regional conservation network. This work constitutes a basis for the improvement of conservation policies for amphibians and associated agricultural landscape mosaics at the regional level and for strengthening the links between academic and non-academic organizations