Méthodes bayesiennes pour l'estimation de l'histoire démographique et de la pression de sélection à partir de la structure génétique des populations.

Recent advances in the fields of computational biology and molecular biology techniques have led to the emerging discipline of population genomics, whose main objective is the study of the spatial structure of genetic diversity. This structure is determined by both neutral forces, like migration and drift, and adaptive forces, like natural selection, and has important applications in many fields like medical genetics or conservation biology. Here, we develop new statistical methods to evaluate the role of natural selection and environment in this spatial structure. All these methods are based on the Bayesian Dirichlet-multinomial model of genetic differentiation. First, we propose to include environmental variables in the estimation process, in order to identify the biotic and abiotic factors that determine the genetic structure. Then, we study the possibility of extending the Dirichlet-multinomial model to dominant markers, which have become very popular in the last few years, but which are affected by various ascertainment biases. Finally, we try to separate neutral effects from adaptive effects on the genetic structure, in order to identify regions of the genome influenced by natural selection. Three databases have been analyzed as illustrations of the use of these new methods: human data, data of argan tree in Morocco, and data of periwinkle. Finally, we developed three softwares implementing these various modelsLes récents progrès, dans les domaines de la biologie computationnelle et des techniques de biologie moléculaire, ont conduit à l'émergence d'une nouvelle discipline appelée génomique des populations, et dont l'un des objectifs principaux est l'étude de la structure spatiale de la diversité génétique. Cette structure est déterminée à la fois par des forces neutres, comme la migration et la dérive, et des forces adaptatives comme la sélection naturelle, et trouve des applications importantes dans de nombreux domaines comme la génétique médicale ou la biologie de la conservation. Nous développons ici de nouvelles méthodes statistiques pour évaluer le rôle de la sélection naturelle et de l'environnement dans cette structure spatiale. Le modèle bayésien Dirichlet-multinomial de différenciation génétique est utilisé comme base à ces différentes méthodes. Dans un premier temps, nous proposons d'inclure des variables environnementales dans l'estimation de la structure génétique afin d'identifier les facteurs biotiques et abiotiques qui la déterminent. Ensuite, nous étudions la possibilité d'étendre le modèle Dirichlet-multinomial aux marqueurs dominants, devenus très populaires ces dernières années, mais affectés par différents biais de recrutement. Enfin, nous cherchons à séparer les effets neutres des effets de la sélection naturelle, afin, en particulier, d'identifier les régions du génome qui y sont soumis. Trois bases de données ont été analysées pour illustrer l'utilisation de ces nouvelles méthodes : des données humaines, des données de l'arganier du Maroc et des données de littorine. Finalement, nous avons développé trois logiciels implémentant ces différents modèles