A comparative analysis of the isolates of Clostridioides difficile derived from different sources.

Infekce vyvolané Clostridioides difficile (CDI) jsou obecně vnímány jako infekce spojené s nemocniční péčí. V posledních letech však dochází k narůstání jejich incidence i v komunitě. Výskyt C. difficile byl popsán např. u zvířat, v potravinách či prostředí vody a půdy. Cílem této práce bylo charakterizovat kmeny C. difficile získané z různých zdrojů pomocí molekulárně biologických metod. Výsledky jsou diskutovány s dostupnými údaji o českých humánních izolátech C. difficile. V této práci bylo analyzováno celkem 135 izolátů C. difficile kultivovaných ze vzorků prasat (n = 57), telat (n = 44), koní (n = 18), vody (n = 15) a ježka (n = 1). Pomocí PCR ribotypizace bylo identifikováno 22 různých ribotypizačních profilů, nejčastěji detekovanými ribotypy byly 033, 011, 126, 078. Byly nalezeny jak toxigenní i netoxigenní ribotypy, včetně ribotypů nesoucích geny pro produkci binárního toxinu. Nejčastěji zachycené rezistence k antimikrobiálním látkám byly k ciprofloxacinu, klindamycinu a erythromycinu. Všechny detekované ribotypy a sekvenační typy u izolátů ze zvířat a prostředí byly v předchozích projektech nalezeny i u českých humánních izolátů, což potvrzuje roli zvířat a prostředí jako rezervoáru C. difficile. Nicméně epidemické humánní ribotypy 001 a 176, které dominují současné epidemiologické situaci...Clostridioides difficile infections (CDI) are generally perceived as healtcare associated infections. However, there has been recently reported an increase of CDI incidence in the community. The occurrence of C. difficile has been described also in animals, food and the environment water and soil. The aim of this thesis was to characterize C. difficile isolates derived from different sources using molecular methods. The results were discussed with available data from Czech human C. difficile isolates. A total of 135 C. difficile isolates from the following sources were analyzed: pigs n = 57, calves n = 44, horses n = 18, water n = 15 and hedgehog. Using PCR ribotyping, 22 distinct ribotyping profiles were identified, the most frequently detected ribotypes were: 033, 011, 126, 078. Both toxigenic and non-toxigenic ribotypes were detected, including binary toxin-producing strains. The most frequently detected antimicrobial resistances were to ciprofloxacin, clindamycin, and erythromycin. All ribotypes and sequence types identified in the C. difficile isolates from animals and the environment, has been found also in C. difficile isolates from humans which confirms the role of animals and the environment as a source for C. difficile. However, no epidemic ribotype 001 and 176 that dominate the current...Department of Genetics and MicrobiologyKatedra genetiky a mikrobiologieFaculty of SciencePřírodovědecká fakult