/ Development of candidate inbred lines and their molecular characterization in onion (Allium cepa L.) breeding program

Bu doktora tez çalışması 96 soğan (Allium cepa L.) genotipinin performanslarını belirlemek, aralarındaki morfolojik ve moleküler farklılıkları ortaya koymak amacıyla, 2012 ve 2015 yılları arasında yürütülmüştür. Morfolojik özelliklerin belirlenmesi için, UPOV tanımlama listesinde belirtilen 31 karakter incelenmiştir. Temel bileşenler analizinde, ilk üç bileşen varyasyonun % 44,93'ünü açıklamıştır. Öklid uzaklıklarına göre Ward yöntemiyle yapılan kümeleme analizinde, genotipler iki ana gruba ayrılmıştır. En yüksek korelasyon katsayıları, yalancı gövde çapı ile baş ağırlığı (r = 0,84) arasında bulunmuştur. Genotipler, 46 SSR primer çifti kullanılarak moleküler olarak karakterize edilmiştir. Taranan bu belirteçlerden 308 allel elde edilmiş, bunların 303 tanesi polimorfik bulunmuştur. UPGMA analiziyle oluşturulan dendrogramda, 96 genotip beş gruba ayrılmış, Dice benzerlik katsayıları 0,407 ile 0,767 arasında değişmiş, ortalama olarak 0,587 bulunmuştur.This PhD thesis study was performed to evaluate performance of 96 onion (Allium cepa L.) genotypes, and to determine morphological and molecular diversity among them between 2012 and 2015. Related to the morphological characterization, 31 traits were investigated according to UPOV descriptor list. The first three Eigen values explained the 44,93% of total variation evaluated by Principal Component Analysis (PCA). The genotypes were grouped into two main clusters based on Euclidean distance following Ward's method in UPGMA cluster analysis. The highest correlation coefficients were observed between diameter of pseudostem and bulb weight (r=0,84). Genotypes were molecularly characterized by using 46 SSR primer pairs. By screening with these markers, 308 alleles were identified, 303 of which were polymorphic. A dendrogram based on UPGMA analysis grouped the 96 genotypes into five main clusters with Dice's similarity coefficient ranging from 0,407 to 0,767 with an average of 0,587