Caractérisation de l’holobionte vigne : des bio-indicateurs du dépérissement du sol aux feuilles

Le projet HOLOVITI porte sur l’holobionte (du grec holo = tout et bios = vie), c’est-à-dire l’unité biologique composée de l’hôte (ici la vigne) et tous les microorganismes avec lesquels la plante interagit et établit un dialogue. « Nous étudions le lien physiologique entre le microbiote et le cep, depuis le sol jusqu’aux feuilles, précisent Pierre-Emmanuel Courty (INRAE Dijon Bourgogne Franche Comté) et Sophie Trouvelot (Institut Universitaire de la Vigne et du Vin -Université de Bourgogne), co- porteurs de ce projet. Le projet HOLOVITI a pour objectif majeur d’identifier des bio-indicateurs d’origine végétale et microbienne qui traduiraient l’état sanitaire et physiologique de la vigne et pourraient servir d’outils de diagnostic. L’originalité de ce projet réside dans le fait que ces bio-indicateurs seront recherchés le long du continuum sol, racines, tronc, rameau et feuilles. Ces bio-indicateurs seront définis pour la première fois en combinant des analyses au niveau de l’ADN (diversité des microorganismes), de l’ARN (expression de gènes) et des métabolites. Les relations entre le cépage, le microbiote et l’expression des symptômes foliaires de différents dépérissements seront analysées dans différentes parcelles de différentes régions viticoles (Bourgogne, vallée de Loire et Languedoc-Roussillon).Parmi les micro-organismes, les champignons mycorhiziens à arbuscules qui forment une symbiose mutualiste et qui sont connus pour améliorer la nutrition et la santé des plantes, seront de plus étudiés. Les bénéfices de la mycorhization seront analysés en laboratoire en connectant un cep sain et un cep dépérissant. Un plant mycorhizé en phase de dépérissement peut-il transmettre rapidement une alerte aux plants avec lesquels il partage un réseau mycélien ? Telle est une question que se pose les chercheurs.Pour conduire à bien ce projet un partenariat transdisciplinaire a été défini. Il regroupe notamment :- Des acteurs spécialisés dans la diversité et le fonctionnement microbien au sein de l’UMR Agroécologie de l’INRA de Dijon. Leur expertise porte tant sur les bactéries que sur les champignons parasites et bénéfiques du sol et endophytes.- Des experts scientifiques de la physiologie et l’immunité de la vigne, répartis dans l’UMR Agroécologie de l’INRA de Dijon et au sein de l’Université Reims Champagne-Ardenne- Des plateformes analytiques spécialisées dans l’analyse de métabolites (végétaux et microbiens) sur l’INRA de Versailles et l’INRA de Bordeaux- Des partenaires de terrain experts dans la détection des dépérissements ciblés et les mesures agronomiques qui y sont liées, avec notamment la Chambre Régionale d’Agriculture Bourgogne Franche-Comté, l’IFV de Rodihlan et le SICAVAC Centre Loire.- Les pépinières Mercier qui commercialisent notamment des plants mycorhizés.- Des partenaires associés qui donnent libre accès à des parcelles d’étude. Il s’agit (i) du Château de Marsannay qui possède des parcelles atteintes à la fois de court-noué, d’esca et de dépérissement au 161-49C et (ii) du CIVC qui, en lien avec Moët et Chandon, dispose de parcelles à historique court-noué et/ou Esca.Le projet HOLOVITI pourrait être résumé par 5 mots-clés : Holobionte, Microbiome, Continuum sol-racines-parties aériennes, Marqueurs fonctionnels et Diagnostic sanitaire