Épidémiologie génomique des E. coli multi-résistantes aux antibiotiques au CHU de Caen

International audienceIntroduction :Les entérobactéries sécrétrices de béta-lactamase à spectre étendu (BLSE) sont responsables d’une augmentation de la morbi-mortalité infectieuse. Cette étude s’est intéressée à la diversité génomique des souches d’E. coli sécrétrices de BLSE au de CHU de Caen sur une période de 5 ans.Matériels et méthodes :Cinquante-trois souches représentant la première indentification d’une BLSE chez des patients uniques, isolées entre 2012 et 2016, à partir d’écouvillonnages rectaux ont été séquencées en génome entier. Les caractéristiques des bactéries : Sequence-Type (ST), sérotype, gènes de résistance et gènes de virulence ont été déterminés in silico grâce aux bases de données.Résultats :Les prélèvements provenaient de 16 différents services, majoritairement les services de médecine, de chirurgie puis de réanimation (40%, 31%, 29%). Le sex ratio H/F était de 0,9. L’âge moyen des patients était de 64 ans ; 55% avaient été hospitalisés dans les 3 mois précédents ; 51% ont reçu une antibiothérapie au cours de leur hospitalisation et 14% avaient voyagé hors de France.Au total, 34 différents ST et 35 sérotypes ont été retrouvés. Les populations E. coli les plus fréquentes étaient les ST131 O25:H4 (n=6), ST10 O89:H9 (n=3) et ST162:O9:H9 (n=2). Onze différentes béta-lactamases ont été détectées, les plus fréquentes étaient : CTX-M-1 (n=18), CTX-M-14 (n=9), CTX-M-15 (n=7). Pour 27 patients (49%), la souche d’E. coli BLSE a été identifiée avant 48h d’hospitalisation, principalement CTX-M-14. Tandis que l’enzyme « nosocomiale » était volontiers CTX-M-15 (délai moyen d’acquisition 19 jours, min/max : 0/66 jours). Enfin, CTX-M-14 et SHV-12 étaient significativement plus retrouvées pour les souches d’E. coli circulantes au sein des services de réanimation (p=0,02, p=0,02) supposant une circulation diffuse de souches épidémiques.Conclusion :Cette étude d’épidémiologie génomique a permis de révéler une grande diversité de populations des souches d’E. coli sécrétrices de BLSE au CHU de Caen depuis 2012. Cela supporte que dans 50% des cas le portage de ces bactéries était probablement d’origine communautaire (détection dans les 48h après l’admission). D’autres souches hospitalières, communautaires et vétérinaires sont en cours de séquençage afin d’augmenter la puissance de l’étude sur leurs attributions et leurs circulations en Normandie qui semblent assez étendues