Analyse à haut débit du déterminisme de défauts musculaires impactant la qualité de la viande chez le poulet

Poultry industry is facing muscular defects that impair chicken meat quality. Genetic and genomic studies were carried out in addition to histological measurements to better understand the etiology of these defects and to contribute to the development of new indicators useful for diagnosis and selection. Studies focused on two complementary genetic models: (i) two divergent chicken lines selected on breast meat ultimate pH and (ii) a line with strong muscular development more severely affected by the defects, which was studied in comparison with a slow-growing strain free from lesions. The thesis helped to describe the metabolic and structural changes induced by long-term selection on growth and breast muscle yield as well as the biological deregulations observed in case of severe myopathies. It also led to the identification of the first QTL regions controlling muscular defects in chicken and to the establishment of a set of genes correlated with histological measurements of myopathies that will serve after validation as tool for selection and breeding.La filière avicole est confrontée à des défauts musculaires qui impactent la qualité de la viande de poulet. Des analyses génétiques et génomiques ont été menées en complément de mesures histologiques afin de mieux comprendre l’étiologie de ces défauts et contribuer au développement de nouveaux indicateurs et biomarqueurs utiles au diagnostic et à la sélection. L’étude a porté sur deux modèles génétiques complémentaires : (1) deux lignées divergentes de poulets sélectionnées sur le pH ultime du filet, et (2) une lignée à fort développement musculaire plus sévèrement affectée comparée avec une souche à croissance lente indemne de lésions. La thèse a permis de décrire les modifications métaboliques et structurales induites par la sélection à long terme sur la croissance et le rendement en filet ainsi que les dérégulations biologiques observées en cas de myopathies sévères. Elle a aussi conduit à l’identification des premières régions QTL contrôlant les défauts chez le poulet et à l’établissement d’un set de marqueurs géniques corrélés aux mesures histologiques des myopathies, qui une fois validé, servira d’outil d’aide à la sélection et à l’élevage