Identification of fragments differential expressed in germination / emergence of red rice and cultivated under stress of depth

Grown on every continent, rice (Oryza sativa L.) has great social and economic as well as being a model plant for studies of genetics and physiology of plants. Brazil is among the top ten world producers of this culture, and the Rio Grande do Sul is responsible for 60% of Brazilian production. Due to its versatility and adaptability to different soils and climates, it is the breeding of the search mechanisms on the resistance of plants to different biotic and abiotic stresses, high productivity and quality, and for this, absolutely the presence of genetic variability . In this sense, red rice accessions have been widely used because they have a range of as yet unidentified genes, and identification of the resource responsible for competition and morphological possible be brought into cultivated rice, makes this species attractive for the identification and characterization of genes and involved in the process of germination / emergence, in studies of differential expression. This study aims to identify differentially expressed fragments in the germination / emergence of red rice ecotype and two genotypes grown under stress depth (BRS Taim 7 representing the cultivated rice, the red rice ecotype FFS-45 and cultivar Nipponbare) . The lines were placed to germinate at 15cm depth. Samples were collected at 4 days, 7 days, 14 days and 21 days after sowing and soon after each collection was extracted RNA for construction of cDNA. To obtain the fragments of differentially expressed genes among genotypes, we used the technique of cDNA-AFLP, which were tested 16 primer combinations, which allowed the identification of 95 differentially expressed fragments, and 3 of these compounds showed no amplification. The analysis of the bands was performed by visualization on acrylamide gels, using the criterion of presence or absence of bands between the genotypes and the difference in intensity between fragments. By identifying these genes by sequencing study, characterization and cloning, will contribute to studies related to the identification of genes involved in germination and emergence of rice.Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPqCultivado em todo continente, o arroz (Oryza sativa L.) possui grande importância social e econômica, além de ser uma planta modelo para estudos de genética e fisiologia de plantas cultivadas. O Brasil está entre os dez principais produtores mundiais desta cultura, sendo que o Rio Grande do Sul é responsável por 60% da produção brasileira. Devido a sua versatilidade e adaptabilidade a diferentes condições de solos e climas, cabe ao melhoramento genético a busca de mecanismos ligados a resistência das plantas a diferentes estresses bióticos e abióticos, alta produtividade e qualidade, sendo, para isto, imprescindível a presença de variabilidade genética. Neste sentido, acessos de arroz vermelho têm sido muito utilizados, pois possuem uma gama de genes ainda não identificados, e a identificação do recurso responsável pela competição e características morfológicas possíveis de serem introduzidas no arroz cultivado, torna essa espécie atrativa para identificação e caracterização de genes e envolvidos no processo de germinação / emergência, em estudos de expressão diferencial. Este estudo tem por objetivo identificar fragmentos diferencialmente expressos na germinação/emergência de um ecótipo de arroz vermelho e dois genótipos cultivados, submetidos ao estresse da profundidade (BRS 7 Taim representando o arroz cultivado, o ecótipo de arroz vermelho FFS-45 e a cultivar Nipponbare). Os genótipos foram colocados para germinar a 15cm de profundidade. Amostras foram coletadas aos 4 dias, 7 dias, 14 dias e 21 dias após a semeadura sendo que logo após cada coleta foi extraído o RNA para construção de cDNA. Para obtenção dos fragmentos de genes diferencialmente expressos entre os genótipos, utilizou-se a técnica de cDNA-AFLP, onde foram testadas 16 combinações de primers, que possibilitou a identificação de 95 fragmentos diferencialmente expressos, sendo que 3 destas combinações não apresentaram amplificação. A análise das bandas foi realizada através da visualização em gel de acrilamida, utilizando o critério de presença e/ou ausência de bandas entre os genótipos e diferença de intensidade entre os fragmentos. A partir da identificação desses genes, mediante estudos de seqüenciamento, caracterização e clonagem, será possível contribuir para os estudos relacionados à identificação de genes envolvidos com a germinação e emergência do arroz