Desarrollo de un protocolo integral de secuenciación masiva para el diagnóstico prenatal de aneuploidías en plasma materno

Tesis doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Ciencias, Departamento de Biología. Fecha de lectura: 03-12-2021En base al descubrimiento del ADN fetal libre circulante (ADNfl) en sangre materna y el posterior desarrollo de la secuenciación masiva, se ha establecido como método de cribado de aneuploidías el Test Prenatal No Invasivo (TPNI). Consiste en determinar la presencia de anomalías cromosómicas numéricas utilizando para ello una muestra de plasma materno. En España no existen protocolos que definan las indicaciones concretas o el abordaje metodológico más adecuado para realizarlo. El objetivo principal de esta tesis consiste en desarrollar una aproximación metodológica y funcional válida para su implementación en el ámbito clínico. Para ello, se ha realizado un análisis de coste/eficacia en relación con el cribado combinado de aneuploidías del primer trimestre. Además, se han analizado, de manera pormenorizada, las indicaciones reflejadas en los protocolos de las principales sociedades científicas estableciendo diferentes escenarios en base a la distribución de nuestra población. Adicionalmente, se han analizado en profundidad diferentes métodos de análisis, incluyendo una aproximación de desarrollo propio, con objeto de determinar su rendimiento diagnóstico, aplicabilidad y robustez. Para ello, se han estudiado 229 muestras mediante secuenciación por semiconductores en abordaje de genoma completo y 264 muestras mediante secuenciación por síntesis, realizando una aproximación dirigida a las regiones de interés. Los resultados consecuencia en este proceso, se han analizado mediante tres herramientas informáticas, obteniéndose los mejores resultados mediante la utilización de secuenciación de genoma completo. La reducción de costes de la secuenciación masiva, la acumulación de datos que demuestran la superior eficacia del TPNI sobre el cribado convencional y la mayor concienciación de las autoridades, apuntan hacia el logro potencial del TPNI universal para el cribado de aneuploidías frecuentes sin aumentar el coste general de la atención médica prenatal. Además, el análisis del genoma fetal a partir de ADN circulante en sangre materna abre la puerta a futuros avances en el conocimiento del estatus genético feto-placentario que permitan identificar alteraciones implicadas en el correcto desarrollo del embaraz