Identificação de alterações genômicas em tumores da cavidade oral

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Programa de Pós-Graduação em Virologia. Ananindeua, PA, Brasil.O termo câncer de boca engloba um conjunto de neoplasias que acometem a cavidade oral com diversas etiologias e aspectos histopatológicos. No Brasil, o câncer de boca é o quinto câncer mais frequente no sexo masculino, com uma estimativa de 11.200 novos casos e 3.500 em mulheres em cada ano do biênio 2018-2019. Dos mais de 300 tipos de HPV existentes, 24 foram associados às lesões bucais. A infecção pelo Papilomavírus Humano (HPV) compreende a um importante fator de risco para o carcinoma de células escamosas orais, assim como o uso de tabaco e do álcool. Esse estudo buscou identificar alterações nos cromossomos e em regiões gênicas, que possam ser associadas aos tumores da cavidade oral infectados ou não pelo HPV. As amostras estudadas foram obtidas no Centro Universitário do Estado do Pará. Inicialmente considerados um N amostral de 6 amostras que foram divididas em: 3 amostras inseridas em parafina e 3 amostras de tecido fresco provenientes de lesões na cavidade oral. Foi realizada a extração do DNA das amostras parafinadas e de tecido fresco utilizando os kits ReliaPrep FFPE gDNAMiniprep Systen e QIAamp DNA Mini Kit, respectivamente. Posteriormente foi feita a quantificação e avaliação da integridade do DNA das amostras através do espectofotômetro NanoDrop 1000, assim como foi avaliado a qualidade e viabilidade do DNA dos pacientes através do PCR B-globina humana. Realizou- se o PCR convencional para identificação do HPV com os primers GP5+ e GP6+, e também a tipagem do HPV utilizando os kits INNO-LIPA HPV Genotipagem Extra II (amostras parafinadas) e o sistema Linear Array HPV - ROCHE (tecido fresco). Para a identificação de alterações no número de cópias entre amostras realizou-se o método aCGH, o qual utilizou a matriz SurePrint G3 Human Cancer CGH+SNP Microarray Kit 4x180K que contêm cerca de 180.000 sondas que mapeiam genes bem caracterizados, particularmente envolvidos em câncer. Após a análise específica para identificação da infecção por HPV, as 6 amostras não apresentaram positividade para o vírus, mas diversas alterações cromossômicas foram obtidas através da malignidade das lesões. Foram detectadas 167 CNAs no total nas amostras de lesões malignas, e 52 CNAs no total nas lesões benignas. As regiões 8p23.1, 14q32.33,17q21.33 foram alteradas em todas as amostras malignas,já nas amostras benignas foi a região 14q32.33. Foram identificados 377 genes com alterações nas amostras malignas e 8 genes alterados nas amostras benignas. Os genes FANCD2, CTNNB1, FOXO3, LATS1, MYB, TNFAIP3,FANCC, NOTCH1, KLF4, PTCH1, TNC, TSC1, XPA,MAML2,TSC2, MYH11, BCL2 foram alterados nas 3 amostras malignas (tecido fresco) e os genes MYC, PTCH1, ELAVL1, KEAP1, KIT, KDR, PTPRD, TSC2 foram alterados nas amostras benignas (parafinadas), nenhum em comum entre as amostras. Os genes KDR (4q). MYC (8q), PTPRD (9q), PTCH1 (9q), TSC2 (16q), foram alterados tanto nas amostras de lesões malignas quanto nas benignas. A detecção de regiões cromossômicas alteradas envolvidas em perdas e ganhos genômicos em nosso estudo foi uma etapa fundamental para a identificação de regiões genômicas relacionadas ao desenvolvimento da doença e de candidatos a marcadores moleculares para CCEO