The role of carbohydrates on protein function : the case of PGHSs

Estima-se que em torno de metade das proteínas existentes na natureza sejam glicosiladas. Ao ligarem-se às proteínas, os carboidratos podem alterar diversas de suas propriedades, tanto físico-químicas quanto biológicas, tornando-se fundamentais no entendimento de suas funções e, como consequência, na sua modulação com finalidades terapêuticas. Uma das formas de obtermos informações acerca do papel da porção sacarídica de uma glicoproteína envolve o estudo da estrutura tridimensional destas biomacromoléculas, por exemplo, através de cálculos de modelagem molecular, particularmente simulações de dinâmica molecular. Nosso grupo de pesquisas vem se dedicando ao desenvolvimento e a validação de abordagens de baixo custo computacional e baseadas em ferramentas gratuitas capazes de contribuírem para o entendimento de fenômenos biológicos. Estes procedimentos serão apresentados a seguir, tomando como exemplo as enzimas denominadas Prostaglandinas Endoperóxido Sintases, em suas isoformas 1 e 2.It is estimated that about half of all existing proteins are glycosylated. When bound to proteins, carbohydrates are able to affect several properties of such molecules, including physicochemical and biological properties, and therefore they became essential for understanding its function and its theraupeutical modulation. One of many strategies to obtain information on the role of a glycoprotein`s saccharidic moiety involves the tridimensional study of such macromolecules. This can be achieved using molecular modeling, specifically, molecular dynamics simulations. Therefore, our research group has been dedicated to the development and validation of low computational cost approaches, based on free of charge tools, capable of contribute to the understanding of biological phenomena. These procedures are presented next, using Prostaglandin Endoperoxide Synthase 1 and 2 as example