Study of the autophagy pathway in the Pacific oyster, Crassostrea gigas, in response to an infection by the virus OsHV-1

Mortality outbreaks of young Pacific oysters, Crassostrea gigas, have seriously affected the aquaculture economy in several countries around the world. Although the causes for these mortalities outbreaks are complex, a viral agent was identified as the main factor, the ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1). The mean to fight against the virus remains limited and Pacific oyster/virus interactions need to be further investigated. Recently, the results of several studies and the C. gigas genome sequencing have demonstrated the potential existence of several known mammals’ antiviral pathways in the Pacific oyster. The autophagy pathway is involved in many cellular processes including immune defense. This pathway seems to be functional in the mantle of C. gigas and involve in the response of the Pacific oyster to several pathologies including viral diseases. As part of this Phd work was to improve knowledge about the autophagy pathway mechanism in C. gigas and to decipher it modulation during the process of an infection by the virus OsHV-1. This work has highlighted a strong conservation of the pathway of autophagy at the molecular level. For the first time in C. gigas, autophagic structures were observed in haemocytes. This result has allowed to development new approaches to detect and monitor the regulation of autophagy in Pacific oyster. A monitoring of autophagy during an infection by the virus OsHV-1 showed that the viral replication is followed by a modulation of autophagy in the mantle and in haemolymph. Finally, a differential regulation of the autophagy pathway at the transcriptomic level in the mantle and haemolymph has been shown.Les importantes mortalités observées sur le naissain de l’huître creuse, Crassostrea gigas, ont fortement affecté l’économie aquacole de plusieurs pays dans le monde. Les causes de ces mortalités sont complexes, mais un agent viral appartenant à la famille des herpèsvirus, appelé ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1), a été identifié comme étant le principal facteur responsable de ces mortalités. Les moyens disponibles pour lutter contre le virus OsHV-1 restent limités et une meilleure connaissance des interactions entre l’huître creuse et le virus est nécessaire. Récemment, les résultats de plusieurs études et la caractérisation du génome de C. gigas ont démontré l’existence potentielle chez cette espèce de plusieurs voies antivirales connues chez les mammifères. La voie de l’autophagie est impliquée dans de nombreux processus cellulaires dont la défense immunitaire. Cette voie serait fonctionnelle dans le manteau de C. gigas et impliquée dans la réponse de l’huître creuse à différentes pathologies incluant les infections virales. Dans le cadre de la thèse, un travail a été réalisé afin d’approfondir les connaissances sur le mécanisme de l’autophagie chez C. gigas et sur sa régulation au cours d’une infection par le virus OsHV-1. Ces travaux de thèse ont permis de mettre en évidence une forte conservation de la voie de l’autophagie au niveau moléculaire. Pour la première fois chez C. gigas, il a été observé des structures autophagiques chez les hémocytes. Ce résultat a permis de développer de nouvelles approches afin de détecter et suivre la régulation de l’autophagie chez l’huître creuse. Un suivi de l’autophagie au cours d’une infection par le virus OsHV-1 a montré une réplication virale suivie d’une modulation de l’autophagie dans le manteau et dans l’hémolymphe. Enfin, il a été montré une régulation différentielle de l’autophagie au niveau transcriptiomique dans le manteau et dans l’hémolymphe