Genotyping of Echinococcus granulosus isolates

Tıpta Uzmanlık TeziEchinococcus granulosus insanlarda ve birçok evcil hayvanda kistik ekinokokkozis etkenidir ve dünyada geniş bir dağılıma sahiptir. Kistik ekinokokkozis Türkiye'de hala önemli bir sağlık sorunudur. Bu çalışmanın amacı; Türkiye'de Trakya bölgesindeki insanlardan ve çiftlik hayvanlarından elde edilen E. granulosus izolatlarının genotiplendirilmesidir. Ocak 2009 ? Aralık 2009 tarihleri arasında Edirne'de bulunan çeşitli hastanelerde cerrahi operasyon uygulanan ve kesimhanedeki hayvanlardan toplam 58 izolat elde edildi. E. granulosus'un insan ve hayvan izolatlarını karakterize etmek için ribozomal birinci ``internal transcribed spacer'' fragmanının polimeraz zincir reaksiyonu - restriksiyon fragman uzunluğu polimorfizmi analizi ve parsiyel mitokondriyal NADH dehidrogenaz subunit 1 geninin polimeraz zincir reaksiyonu - tek sarmal konformasyon polimorfizmi yöntemi kullanıldı. Yapılan analizler E. granulosus izolatları içinde üç farklı genotip olabileceğini gösterdi. İzolatların genetik karakteristiklerinin ileri incelemeleri için mitokondriyal sitokrom oksidaz c subunit 1 ve NADH dehidrogenaz subunit 1 gen bölgelerinin dizi analizi kullanıldı. Sonuçlar G1 (evcil koyun suşu) ve G7 (domuz suşu) olmak üzere iki farklı genotip bulunduğunu gösterdi. Mevcut çalışma Türkiye'nin Trakya bölgesinde E. granulosus'un evcil koyun suşunun baskın genotip olduğunu göstermektedir. Yapılan çalışma bu bölgede domuz suşunun bulunduğunu gösteren ilk rapordur. Bu bilgi bu bölge ve çevre ülkelerde hayvanlardaki parazitlerin epidemiyolojisi ve ekolojisi ile ilgili ileri çalışmalar açısından oldukça önemlidir.AbstractEchinococcus granulosus is the causative agent of cystic echinococcosis in human and many domestic animals, and has a widely distribution in the world. Cystic echinococcosis is still an important health problem in Turkey. The aim of this study is genotyping the isolates of E. granulosus obtained from human and livestock animals in Thrace region of Turkey. A total of 58 isolates were obtained from the patients who underwent surgery at several hospitals and from the animals in slaughterhouse in Edirne, between January 2009 and December 2009. Polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism analysis of ribosomal internal transcribed spacer 1 fragment and polymerase chain reaction -based single strand conformation polymorphism of partial mitochondrial NADH dehydrogenase subunit 1 gene were used to characterize E. granulosus in human and animal isolates. The analysis revealed that there are three possible genotypes within E. granulosus isolates. To investigate the further genetic characteristics of isolates, deoxyribonucleic acid sequencing of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 and NADH dehydrogenase subunit 1 genes were used. The results indicated that there are two distinct genotypes, G1 (domestic sheep strain) and G7 (pig strain) in isolates. The present study revealed that domestic sheep strain is the most common genotype in Thrace region of Turkey. This is the first report indicating that E. granulosus pig strain is present in human in this region. This knowledge is quite important for future studies on the epidemiology and ecology of the parasites in animals and humans in this region and surrounding countries