Impact d'un stress viral sur la transcription des SINE d'Arabidopsis thaliana et influence de l'ARN SINE sur la kinase GCN2

In mammals cells, adenovirus infection induces transcription of individual Alu loci. This mechanism is well-conserved and observed with other virus families. Adenovirus encodes a protein, E1A, capable of interacting with the retinoblastoma protein (RB). This interaction inactivates RB which probably leads to the transcriptional inactivation of Alu elements. Thus, in mammals, viral proteins can negatively regulate Rb and cause cell cycle deregulation, general pol III transcription and particularly SINE transcription. In plants, SINE transcriptional activation following viral stress is still to demonstrate. However, the FBNYV virus genome encodes a protein, CLINK, which contains a RB binding domain also found in the adenovirus protein E1A. The first step of this work was to analyze the CLINK protein and more precisely the impact of this protein on cell cycle deregulation, on general pol III transcription and particularly on endogenous plant SINE transcription. The second part of this study focuses on SINE elements functions within the cell. In mammals, SINE element Alu has been shown to modulate the cell physiology in response to stresses. Indeed, transcription of those elements is activated following some viral infections. Those transcripts are able to interact with the PKR protein, an eIF2α kinase. Thus, SINE elements are capable to modulate cellular functions such as translation regulation. Only one eIF2α kinase has been identified in plants: the GCN2 protein. Thus, we characterized the function of this protein in Arabidopsis. We shown mechanisms that regulate the protein function and also found some plant-specific inductors. This study has shown that GCN2 is important in plants and that this protein intervenes in some plant-specific stress pathway. Finally, SINE impact on GCN2 activity has been study in plants.Chez les mammifères, l'infection par l'adénovirus conduit à l'activation de la transcription de certains éléments SINE Alu. Il s'agit d'un mécanisme conservé car il est observé avec d'autres familles de virus. Adénovirus code pour une protéine, E1A qui est capable d'interagir avec la protéine Rétinoblastome (RB). Cette interaction provoque l'inactivation de RB ce qui provoque probablement l'activation transcriptionelle des éléments Alu. Ainsi, chez les mammifères, certaines protéines virales agissent négativement sur RB ce qui a pour conséquence de déréguler le cycle cellulaire, la transcription pol III de manière générale et la transcription des éléments SINE en particulier. Chez les plantes, l'activation de la transcription des éléments SINE à la suite d'un stress comme l'infection virale reste à démontrer. Cependant, le virus FBNYV possède au sein de son génome une protéine, CLINK, qui est entre autre constituée d'un domaine de liaison à RB similaire à celui retrouvé chez E1A d'adénovirus. La première étape de ce travail de thèse a porté sur l'analyse de la protéine CLINK et plus particulièrement l'effet de cette protéine sur le cycle cellulaire, sur la transcription pol III en général et sur la transcription des SINE endogènes de plantes. La seconde partie de cette étude porte sur la fonction des éléments SINE de plantes au sein de la cellule. Chez les mammifères, l'élément SINE Alu est capable de jouer un rôle dans la physiologie de la cellule en réponse à certains stress. En effet, la transcription de ces éléments est activée à la suite d'une infection par certaines familles de virus. Les transcrits ainsi produits sont alors capables d'interagir avec la protéine PKR, une kinase d'eIF2α. Ainsi, les éléments SINE sont capables d'intervenir dans des processus clefs de la cellule comme le mécanisme de régulation de la traduction. La seule kinase d'eIF2α identifiée chez les plantes est la protéine GCN2. Ainsi, nous avons choisit de caractériser la fonction de cette protéine chez Arabidopsis. Nous avons déterminé les mécanismes de régulation de la protéine en mettant en évidence certains inducteurs spécifiques aux plantes. Ce travail a permis de montrer l'importance de la protéine pour la plante et de découvrir des fonctions potentielles de la protéine dans des voies de stress typiques des végétaux. Enfin, l'impact des SINE de plantes sur l'activité de GCN2 a été analysé